Molpro: Różnice pomiędzy wersjami
(Nie pokazano 21 wersji utworzonych przez 6 użytkowników) | |||
Linia 1: | Linia 1: | ||
− | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro</small> |
− | {{ | + | {{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2012.1.12}} |
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju. | '''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju. | ||
Linia 14: | Linia 14: | ||
== MOLPRO w WCSS == | == MOLPRO w WCSS == | ||
− | |||
− | |||
+ | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
− | ; | + | ;Środowisko i praca interaktywna |
− | |||
− | + | Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]: | |
+ | qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA | ||
− | + | Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]: | |
− | + | module load molpro (dla wersji domyślnej) | |
− | |||
− | |||
− | |||
+ | Program można wywoływać poleceniem: | ||
+ | molpro [opcje] plik.inp | ||
;Wstawianie zadań do kolejki | ;Wstawianie zadań do kolejki | ||
− | |||
− | |||
− | + | Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu) | |
+ | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | ||
− | + | > sub-molpro | |
+ | Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters] | ||
+ | Parameters: | ||
+ | -q queue (default - main) | ||
+ | -n nodes (default - 1) | ||
+ | -p cores (per node, default - 1) | ||
+ | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
+ | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
− | Na | + | Na przykład |
− | + | > sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | |
− | |||
− | + | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | |
− | |||
− | |||
− | |||
− | + | ;Uwaga | |
− | |||
− | + | Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty '''memory'''. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu '''sub-molpro''', tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny. | |
− | |||
− | + | Ważne: | |
− | + | * karta '''memory''' specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO ! | |
+ | * jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW ! | ||
+ | * interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html | ||
− | + | ;Znane blędy: | |
+ | * nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji. | ||
− | === | + | == Informacje o wykorzystaniu == |
− | + | {{Podziękowanie_WCSS}} | |
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
− | |||
− | |||
− | |||
* [http://www.molpro.net/ Strona główna MOLPRO] | * [http://www.molpro.net/ Strona główna MOLPRO] | ||
− | * [http:// | + | * [http://ccmst.gatech.edu/wiki/index.php?title=Molpro#Parallel_Computations CCMST Wiki] |
− | |||
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] | '''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] |
Aktualna wersja na dzień 12:01, 9 lip 2018
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro
Molpro | |
---|---|
Serwer | Wersja |
Bem | 2012.1.12 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
Informacje ogólne
Główne cechy MOLPRO:
- pełny zakres metod ab initio
- moduły
direct
ilocal
dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset - obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
- możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
- przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)
Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.
MOLPRO w WCSS
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
- Środowisko i praca interaktywna
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:
module load molpro (dla wersji domyślnej)
Program można wywoływać poleceniem:
molpro [opcje] plik.inp
- Wstawianie zadań do kolejki
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu) Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-molpro Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
- Uwaga
Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty memory. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu sub-molpro, tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.
Ważne:
- karta memory specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
- jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
- interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
- Znane blędy
- nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|