DIRAC: Różnice pomiędzy wersjami
m |
|||
| Linia 33: | Linia 33: | ||
> pam-dirac --help | > pam-dirac --help | ||
| + | Przykładowe polecenie: | ||
| + | > pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz | ||
| + | gdzie: | ||
| + | --inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp] | ||
| + | --mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry | ||
| + | --noarch do not create a tgz archive [default: create it] | ||
| − | ''' | + | '''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]]. |
| − | '''Zobacz też:''' [[ | + | '''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]]. |
== Wyniki testów == | == Wyniki testów == | ||
| − | DIRAC 16 został przetestowany | + | DIRAC 16 został przetestowany narzędziem, dostarczonym wraz ze źródłami, z wynikiem: |
100% tests passed, 0 tests failed, out of 105 | 100% tests passed, 0 tests failed, out of 105 | ||
Wersja z 12:14, 5 wrz 2018
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < DIRAC
| DIRAC | |
|---|---|
 DIRAC
| |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 17 16 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
DIRAC - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.
Pełna nazwa to „Program for Atomic and Molecular Direct Iterative Relativistic All-electron Calculations”, w skrócie PAM DIRAC.
Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.
Licencja
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie diracprogram.org.
Licencja przyznana dla WCSS:
- No. of users: more than 20
- Licence type: Site
- Program use: Academic
Korzystanie w WCSS
DIRAC dostępny jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:
- 16.0 (wersja równoległa)
- 17.0 (wersja szeregowa)
Środowisko
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel (dla wersji domyślnej, równloegłej) > module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac
Jak korzystać
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help
Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp] --mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry --noarch do not create a tgz archive [default: create it]
Link do tutorialu znajdziesz w sekcji dokumentacja.
Zobacz też: jak korzystać z kolejek PBS.
Wyniki testów
DIRAC 16 został przetestowany narzędziem, dostarczonym wraz ze źródłami, z wynikiem:
100% tests passed, 0 tests failed, out of 105
Wyniki testów są dostępne na klastrze Bem:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log
Dokumentacja
Linki zewnętrzne:
Tutorial dla początkujących
Forum użytkowników PAM DIRAC
Więcej informacji
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|