R: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 07:29, 30 kwi 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < R

R

Serwer	Wersja
Bem	3.5.3 3.2.3 3.1.3
Kontakt
kdm@wcss.pl

GNU R jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.

R w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

 > sub-r
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)

Na przykład

> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Sprawdzenie zainstalowanych pakietów

Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:

installed.packages()

po uruchomienu R w trybie interaktywnym. Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.

Instalacja pakietów w lokalnym katalogu

Należy uruchomić kolejkę interaktywną:

qsub -I -l walltime=2:00:00

Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:

module load r/3.2.3-intel15.0
R

Aby zainstalować pakiet lattice należy użyć polecenia install.packages:

> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

Zatwierdzić wpisując y.

Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
to install packages into?  (y/n) y

Ponownie zatwierdzić wpisując y. Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji

* installing *source* package ‘lattice’ ...
** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
(...)
** testing if installed package can be loaded
* DONE (lattice)

Sprawdzenie ścieżek do pakietów

> .libPaths();
[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

R w sieci

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small>
-{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.0|wersja3=2.14}}
+{{aplikacja|nazwa=R|logo=[[Plik:Rlogo.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=3.5.3|wersja2=3.2.3|wersja3='''3.1.3'''}}
 '''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
 === R w WCSS ===
-;Wstawianie zadań do kolejki:
+==== Uruchamianie zadań ====
-dla R 3.0.0:
+Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
- '''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]
+Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)
-Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.
+Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
-Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.
+  > sub-r
+ Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
+ Parameters:
+ -q queue (default - main)
+ -n nodes (default - 1)
+ -p cores (per node, default - 1)
+ -m memory (per node, in MB, default - 2000)
+ -w walltime (in hours, default - 504)
+ -o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)
-==== Zainstalowane pakiety ====
+Na przykład
-Do wersji 3.0.0 zostały doinstalowane następujące pakiety:
-{|
+  > sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
-|
-    polynom
+Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
-    orthopolynom
-    evd
+'''Uwaga'''
-    ddst
-    RUnit
+Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
-    iterators
-    foreach
+'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
-    multicore
-    doMC
+==== Sprawdzenie zainstalowanych pakietów ====
-    Rmpi
+Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:
-    doMPI
+<pre>
-    randomForest
+installed.packages()
-    Boruta
+</pre>
-    SparseM
+po uruchomienu R w trybie interaktywnym.
-    quantreg
-    cobs
-    snow
-    kernlab
-    rtape
-    coda
-    R2OpenBUGS
-    mvtnorm
-|
-    msm
-    plyr
-    reshape
-    zoo
-    xts
-    quadprog
-    tseries
-    timeDate
-    timeSeries
-    car
-    stabledist
-    fBasics
-    fGarch
-    lmtest
-    akima
-    lattice
-    locfit
-    acepack
-    nlts 3
-    leaps
-    TSA
-    Rcpp
-|
-    RSNNS
-    TTR
-    Defaults
-    quantmod
-    FinancialInstrument
-    Hmisc
-    rjags 1 4
-    gumbel
-    segmented
-    mixtools
-    etm
-    geepack
-    PerformanceAnalytics
-    blotter 2
-    quantstrat 2
-    gsl
-    ADGofTest
-    pspline
-    copula
-    scatterplot3d
-    mnormt
-    sn
-|
-    sp
-    rgdal
-    RMySQL
-    igraph
-    gam
-    colorspace
-    vcd
-    pscl
-    RcppArmadillo
-    truncnorm
-    Rsolnp
-    nloptr
-    rgl
-    misc3d
-    ks
-    numDeriv
-    spd
-    chron
-    rugarch
-    ntervals
-    spacetime
-    gstat
-|valign=top|
-    proj4
-    rgeos
-    e1071
-    kknn
-    rpart
-    boot
-    cubature
-    np
-    trio
-|}
 Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
+==== Instalacja pakietów w lokalnym katalogu ====
+Należy uruchomić kolejkę interaktywną:
+<pre>qsub -I -l walltime=2:00:00</pre>
+Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:
+<pre>module load r/3.2.3-intel15.0
+R</pre>
+Aby zainstalować pakiet ''lattice'' należy użyć polecenia '''install.packages''':
+<pre>
+> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
+Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
+  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
+Would you like to use a personal library instead?  (y/n)
+</pre>
+Zatwierdzić wpisując '''y'''.
+<pre>Would you like to create a personal library
+~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
+to install packages into?  (y/n) y
+</pre>
+Ponownie zatwierdzić wpisując '''y'''.
+Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji
+<pre>
+* installing *source* package ‘lattice’ ...
+** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
+(...)
+** testing if installed package can be loaded
+* DONE (lattice)
+</pre>
+Sprawdzenie ścieżek do pakietów
+<pre>> .libPaths();
+[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
+[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"
+</pre>
+=== Informacje o wykorzystaniu ===
+{{Podziękowanie_WCSS}}
 === R w sieci ===
@@ Linia 126: / Linia 87: @@
 * [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
 * [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
-* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]
+* [https://www.osc.edu/resources/getting_started/howto/howto_install_local_r_packages HOWTO: Install Local R Packages]
 {{Oprogramowanie}}
 [[Kategoria:Oprogramowanie]]
 [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]