LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 6 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20190807|wersja2=LAMMPS 20170331|wersja3=LAMMPS 20160514|wersja4='''LAMMPS 20141209'''}} |
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej. | '''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej. | ||
| Linia 12: | Linia 12: | ||
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów: | Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów: | ||
| − | '''sub-lammps''' (uruchamia wersję | + | '''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209) |
| − | + | '''sub-lammps-20141209''' | |
| − | '''sub- | + | '''sub-lammps-20160514''' |
| − | > sub- | + | '''sub-lammps-20170331''' |
| + | |||
| + | '''sub-lammps-20190807''' | ||
| + | |||
| + | >[wcss] user@bem ~ > sub-lammps | ||
| + | > Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters] | ||
| + | > Parameters: | ||
| + | > -q queue (default - main) | ||
| + | > -n nodes (default - 1) | ||
| + | > -p cores (per node, default - 1) | ||
| + | > -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | > -w walltime (in hours, default - 504) | ||
=== Praca w trybie interaktywnym === | === Praca w trybie interaktywnym === | ||
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]: | Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]: | ||
| − | > qsub -I | + | > qsub -I -l walltime=2:00:00 |
| − | + | Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów: | |
| − | Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez | + | > module avail lammps |
| − | + | Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu): | |
> module load lammps/20141209 | > module load lammps/20141209 | ||
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu: | Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu: | ||
| Linia 35: | Linia 46: | ||
* in.plik - plik inputowy | * in.plik - plik inputowy | ||
| − | + | Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia: | |
| + | > lmp_wcss -h | ||
;Zobacz też | ;Zobacz też | ||
Aktualna wersja na dzień 08:39, 17 sty 2020
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS
| LAMMPS | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | LAMMPS 20190807 LAMMPS 20170331 LAMMPS 20160514 LAMMPS 20141209 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
LAMMPS w WCSS
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:
sub-lammps (uruchamia wersję 20141209)
sub-lammps-20141209
sub-lammps-20160514
sub-lammps-20170331
sub-lammps-20190807
>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps > Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters] > Parameters: > -q queue (default - main) > -n nodes (default - 1) > -p cores (per node, default - 1) > -m memory (per node, in MB, default - 2000) > -w walltime (in hours, default - 504)
Praca w trybie interaktywnym
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:
> qsub -I -l walltime=2:00:00
Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:
> module avail lammps
Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
- x - liczba zrównoleglanych procesów
- in.plik - plik inputowy
Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia:
> lmp_wcss -h
- Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|