DIRAC: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:04, 27 paź 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < DIRAC

DIRAC
DIRAC
Serwer	Wersja
Bem	19.0 18.0 17.0 16.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

DIRAC - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „Program for Atomic and Molecular Direct Iterative Relativistic All-electron Calculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Licencja

Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.

Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie diracprogram.org.

Licencja przyznana dla WCSS:

No. of users: more than 20
Licence type: Site
Program use: Academic

Dla wersji 18.0, 19.0 nie jest to wymagane.

Korzystanie w WCSS

DIRAC dostępny jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:

16.0 (wersja równoległa)
17.0 (wersja szeregowa)
18.0 (wersja równoległa)
19.0 (wersja szeregowa)

Środowisko

Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:

> module load dirac/wybrana_wersja

Jak korzystać

Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:

> pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz

gdzie:

--inp=INP_FILE      Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE      file containing the basis set and geometry
--noarch            do not create a tgz archive [default: create it]

Lista dostępnych opcji:

> pam-dirac --help

Przykładowy skrypt PBS

#!/bin/bash
#PBS -q main
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB
#PBS -l software=DIRAC_18
#PBS -m be
#PBS -N HF_HI

module load dirac/18.0-gcc7.4.0
export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt

Po wykonaniu polecenia qsub ./skrypt.sh wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:

HF_HI_sorep.out
HF_HI_sorep.tgz
HF_HI...achilles.txt

Zobacz też: jak korzystać z kolejek PBS.

Dokumentacja

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

Na górę strony

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC</small>
-{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}
+{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=19.0|wersja2='''18.0'''|wersja3=17.0|wersja4=16.0}}
 '''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.
@@ Linia 7: / Linia 7: @@
 Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM&nbsp;DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.
+=== Informacje o wykorzystaniu ===
+{{Podziękowanie_WCSS}}
 == Licencja ==
-Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].
+Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.
+Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].
 Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
@@ Linia 15: / Linia 20: @@
 * Licence type: Site
 * '''Program use''': Academic
+Dla wersji '''18.0''', '''19.0''' nie jest to wymagane.
 == Korzystanie w WCSS ==
@@ Linia 20: / Linia 27: @@
 * 16.0 (wersja równoległa)
 * 17.0 (wersja szeregowa)
+* 18.0 (wersja równoległa)
+* 19.0 (wersja szeregowa)
 === Środowisko  ===
-Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
+Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
-  > '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
+  > module load dirac<font color="green">/wybrana_wersja</font>
- > module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)
-Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
- > pam-dirac
 === Jak korzystać ===
-Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
+Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:
- > pam-dirac --help
+  > pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
-Przykładowe polecenie:
-  > pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
 gdzie:
   --inp=INP_FILE      Dirac input file containing the job directives [*.inp]
@@ Linia 40: / Linia 42: @@
   --noarch            do not create a tgz archive [default: create it]
+Lista dostępnych opcji:
+ > pam-dirac --help
-'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].
+=== Przykładowy skrypt PBS ===
-'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].
+<pre>
+#!/bin/bash
+#PBS -q main
+#PBS -l walltime=1:00:00
+#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB
+#PBS -l software=DIRAC_18
+#PBS -m be
+#PBS -N HF_HI
-== Wyniki testów ==
+module load dirac/18.0-gcc7.4.0
+export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR
+cd $PBS_O_WORKDIR
+mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt
+</pre>
+Po wykonaniu polecenia ''qsub ./skrypt.sh'' wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:
+* HF_HI_sorep.out
+* HF_HI_sorep.tgz
+* HF_HI...achilles.txt
-DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:
+'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].
-% tests passed, 0 tests failed out of 105
-Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
- > less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log
 == Dokumentacja ==
-<font color="gray">Linki zewnętrzne:</font>
-=== Tutorial dla początkujących ===
-* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]
-=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
-* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]
-=== Więcej informacji ===
 * [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]
+* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Forum użytkowników PAM DIRAC]
+* [http://www.diracprogram.org/doc/release-19/#tutorials-and-walkthrus Tutorial dla początkujących]
 {{oprogramowanie}}