ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 28 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT</small>
−
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja5=6.4.3-seq|wersja4=6.6.3|wersja3=6.8.1|wersja2=6.10.3|wersja=6.12.1 |kontakt=}}
+
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=9.2.1|wersja2=8.10.3 (z pakietem netcdf) |wersja3='''8.4.4'''|wersja4=8.2.2|wersja5=8.0.7|wersja6=8.6.3 (z pakietem netcdf)|kontakt=}}
−
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
+
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
Linia 12: Linia 12:
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
−
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
+
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
−
* 6.12.1 (wersja równoległa)
+
* 7.10.4 (wersja równoległa)
−
* 6.10.3 (wersja równoległa)
 
−
* 6.8.1 (wersja równoległa)
 
−
* 6.6.3 (wersja równoległa)
 
−
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
 
  
 
=== Wstawianie zadań do kolejki ===
 
=== Wstawianie zadań do kolejki ===
 
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
 
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
−
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
+
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)
−
> '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_rdzeni] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
 
  
−
Gdzie:
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
−
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję równoległą programu;
 
−
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 
−
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
 
−
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
 
−
* <code>liczba_rdzeni</code> - liczba rdzeni, na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
 
−
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.
 
  
−
Do wstawiania zadań sekwencyjnych (bez MPI) do systemu kolejkowego służy polecenie:
+
  > sub-abinit
−
  > '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
+
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)
  
−
Gdzie:
+
Na przykład
−
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję sekwencyjną programu;
 
−
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 rdzeniu;
 
−
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 
−
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
 
−
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
 
−
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
 
  
−
Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
+
  > sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
−
  > '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
 
  
−
Gdzie:
+
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
−
* Polecenie uruchamia wersję 6.6.3 narzędzia optic;
+
 
−
* Program uruchamiany jest na 1 rdzeniu;
+
 
−
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
+
'''Uwaga'''
−
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
+
 
−
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
+
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
−
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.  
 
  
 
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
 
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
Linia 60: Linia 48:
 
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
 
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
  
−
  > qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB
+
  > '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4
  
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
−
  > module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
+
  > '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
−
> module load abinit/6.12.1
+
  > module load abinit/7.10.4
−
  > module load abinit/6.10.3
 
−
> module load abinit/6.8.1
 
−
> module load abinit/6.6.3
 
−
> module load abinit/6.4.3
 
  
 
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
 
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
 
  > abinit
 
  > abinit
 +
  
 
===  Uwagi ===
 
===  Uwagi ===
Linia 79: Linia 64:
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
 
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
−
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.10/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.10]
 
−
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
 
−
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]
 
  
  

Aktualna wersja na dzień 12:22, 8 mar 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ABINIT

ABINIT
Abinit logo.gif
Serwer Wersja
Bem 9.2.1
8.10.3 (z pakietem netcdf)
8.4.4
8.2.2
8.0.7
Kontakt
kdm@wcss.pl

ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. Time -Dependent Density Functional Theory, TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

Licencja

Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ABINIT dostępny jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:

  • 7.10.4 (wersja równoległa)

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład 

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: 

> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: 

> module load abinit (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu): 

> abinit


Uwagi

Restartowanie obliczeń
Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ABINIT&oldid=6173”