TURBOMOLE: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(zmiana strony forum)
 
(Nie pokazano 22 wersji utworzonych przez 7 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Turbomole</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Turbomole|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja3=5.10|wersja2=6.2|wersja=6.3}}
+
{{aplikacja|nazwa=Turbomole|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=7.5, 7.3, 7.1.1, 7.0|wersja2='''6.6''', 6.3|wersja3=5.10}}
−
'''TURBOMOLE''' - pakiet do obliczeń chemicznych metodami ab initio, implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
+
'''TURBOMOLE''' - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
  
 
== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==
 
== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==
−
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]].
+
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/turbomole/.
  
 
;Sposób użycia:
 
;Sposób użycia:
  
−
Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
−
  sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni]
+
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)
 +
 
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
 +
 
 +
  > sub-turbomole
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)
  
 
Gdzie:
 
Gdzie:
−
* <code><nazwa_programu></code> to coś z:
+
* <code><program_name></code> to jeden paremetr z listy:
 
<pre>
 
<pre>
−
aoforce    eigerf     moloch     ricc2_mpi   sdg       
+
aoforce    egrad    grad        mdprep  proper    rimp2    thirdruecker
−
atbandbta   escf        mpgrad     riccprep   statpt
+
atbandbta  eigerf   gradruecker  moloch  radless    riper    thirdsammel
−
bsseenergy freeh      mpgrad_mpi ridft      tm2molden
+
bsseenergy  escf      gradsammel   mpgrad   rdgrad    rirpa   tm2molden
−
cosmoprep  frog        mpshift     ridft_mpi  uff
+
ccsdf12    evib      haga        mpshift relax      ruecker uff
−
define      grad        rdgrad     rimp2      vibration
+
cosmoprep  fdetools  hessruecker  odft     ricc2      sammler  vibration
−
dscf        grad_mpi    rdgrad_mpi rimp2prep   jobex
+
define      freeh    hesssammel  pnoccsd  ricctools  sdg     woelfling
−
dscf_mpi    intense    relax      ruecker   
+
dscf        frog      intense      promowa ridft      statpt   write_plv 
−
egrad      mdprep      ricc2      sammler   
 
 
</pre>
 
</pre>
  
−
* kolejka - to np. parallel
+
Na przykład
−
* liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu
+
 
 +
> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 
 +
 
 +
'''Uwaga'''
 +
 
 +
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
 +
 
 +
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR }}
  
−
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TURBO_<nazwa_programu>.o*</code>
 
  
−
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 na /scratch/nazwa_uzytkownika/twoint1.}}
+
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* [http://www.turbomole.com/ Strona domowa pakietu TURBOMOLE]
 
* [http://www.turbomole.com/ Strona domowa pakietu TURBOMOLE]
−
* [http://www.turbo-forum.com/ Forum użytkowników TURBOMOLE]
+
* [https://forum.turbomole.org/ Forum użytkowników TURBOMOLE]
 +
* [https://doi.org/10.1063/5.0004635 TURBOMOLE: Modular program suite for ab initio quantum-chemical and condensed-matter simulations J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020)]
  
  

Aktualna wersja na dzień 11:59, 5 lip 2022

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Turbomole

Turbomole
Serwer Wersja
Bem 7.5, 7.3, 7.1.1, 7.0
6.6, 6.3
5.10
Kontakt
kdm@wcss.pl

TURBOMOLE - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.

Korzystanie z Turbomole w WCSS

Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/turbomole/.

Sposób użycia

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

> sub-turbomole
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)

Gdzie:

  • <program_name> to jeden paremetr z listy:
aoforce     egrad     grad         mdprep   proper     rimp2    thirdruecker
atbandbta   eigerf    gradruecker  moloch   radless    riper    thirdsammel
bsseenergy  escf      gradsammel   mpgrad   rdgrad     rirpa    tm2molden
ccsdf12     evib      haga         mpshift  relax      ruecker  uff
cosmoprep   fdetools  hessruecker  odft     ricc2      sammler  vibration
define      freeh     hesssammel   pnoccsd  ricctools  sdg      woelfling
dscf        frog      intense      promowa  ridft      statpt   write_plv

Na przykład 

> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Pliki tymczasowe. TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR


Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=TURBOMOLE&oldid=6238”