ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(→‎Dokumentacja: Cytowanie)
 
(Nie pokazano 77 wersji utworzonych przez 11 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
−
{{zasobytab|logo= |serwery=[[Leo]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]]<br><font color="gray">Scientific Computing & Modelling</font>|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}}
−
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT).
+
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
  
−
== ADF w WCSS ==
+
== Licencja ==
−
ADF zainstalowany jest na [[Leo]]. Dostępne wersje to '''2009.01b''' i '''2008.01''' (wersje archiwalne: '''2007.01''' i '''2006.01'''), wszystkie zainstalowane w drzewie '''/usr/local/'''. Licencja obejmuje także NBO.
+
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
 +
*ADF
 +
*ADF BAND
 +
*REAXFF
 +
*COSMO-RS
 +
*DFTB
 +
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).
  
−
== Szybki start ==
+
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 +
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
 +
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
−
;Uruchamianie GUI ADF-a
+
== Korzystanie w WCSS ==
−
(adfinput, adfview i innych)
+
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.
  
−
GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
+
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
 +
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.
  
−
> source /usr/local/adf/env.sh
+
Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:
−
> /usr/local/adf/bin/adfview
 
  
−
;Uruchamianie w kolejce:
+
> module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
−
* '''ważne''' - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
+
> adfview
 +
 
 +
W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:
 +
 
 +
ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl
 +
 
 +
Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:
 +
 
 +
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_<font color="green">wybrana_wersja</font>
 +
 
 +
Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.
 +
 
 +
module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
 +
adfview
 +
 
 +
'''Zobacz też:''' [[Przekierowanie_wyświetlania|Przekierowanie wyświetlania ]]
 +
 
 +
=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
−
* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
+
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
−
* aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
+
  #! /bin/sh
−
* następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na [[Leo]]:
+
  $ADFBIN/adf << eor
−
  #!/bin/bash
+
ATOMS
−
  source /usr/local/adf/env.sh
+
  O  0  0  0
−
  export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
+
  H  1 1  0
−
  cd /scratch/$USER/katalog-zadania
+
  H -1  1  0
−
  export NSCM=4
+
End
−
  ./woda.run >&woda.wyniki
+
Basis
−
* nadać prawa wykonywania:
+
End
−
> chmod +x woda.sh
+
  Geometry
 +
  End
 +
  eor
 +
 
 +
* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
 
  > chmod +x woda.run
 
  > chmod +x woda.run
−
* wstawić do kolejki [[PBS]]
+
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
−
  > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
+
  > sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
 +
 
 +
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
 +
> sub-adf
 +
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
  
−
;Uwagi:
+
'''Uwaga'''
 +
 
 +
* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
  
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
−
* jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
 
−
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
 
  
−
==Cytowanie==
+
* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.
−
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
+
 
−
http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)
 
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
−
=== ADF w sieci ===
+
* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
 
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
 
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
−
**[http://www.scm.com/forums/viewtopic.php?t=12 ADF FAQ z 2006 roku]
+
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
 
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
 
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
 +
* [[Szkolenie ADF]]
 +
* [[Szkolenie ADF 2]]
 +
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html  Teaching in ADF - BSc exercises]
  
 
== Zobacz też ==
 
== Zobacz też ==
−
* [[Szkolenie ADF 2]]
 
 
* [[Oprogramowanie KDM]]
 
* [[Oprogramowanie KDM]]
 
* system kolejkowania zadań [[PBS]]
 
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

Aktualna wersja na dzień 06:21, 30 cze 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
text
Scientific Computing & Modelling
Serwer Wersja
Bem 2014.10
2016.108
2017.105
2018.104
2019.102
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

  • ADF
  • ADF BAND
  • REAXFF
  • COSMO-RS
  • DFTB
  • GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego klient NoMachine. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy: 

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji: 

ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl

Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.: 

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja

Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview. 

module load adf/wybrana_wersja
adfview

Zobacz też: Przekierowanie wyświetlania

Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem

  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • należy wcześniej przygotować pliki danych np. woda.run, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
  O  0  0  0
  H  1  1  0
  H -1  1  0
End
Basis
End
Geometry
End
eor
  • aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main: 

> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Uwaga

  • na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

Zobacz też

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ADF&oldid=6099”