ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 06:21, 30 cze 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Scientific Computing & Modelling
Serwer	Wersja
Bem	2014.10 2016.108 2017.105 2018.104 2019.102
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

ADF
ADF BAND
REAXFF
COSMO-RS
DFTB
GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

wersja 2014

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego klient NoMachine. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:

ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl

Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja

Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.

module load adf/wybrana_wersja
adfview

Zobacz też: Przekierowanie wyświetlania

Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem

możliwe są obliczenia równoległe,
należy wcześniej przygotować pliki danych np. woda.run, przykładowa struktura pliku:

#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
  O  0  0  0
  H  1  1  0
  H -1  1  0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:

> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:

> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Uwaga

na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

Zobacz też

Oprogramowanie KDM
system kolejkowania zadań PBS

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
-{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=2010.01 |wersja22=2009.01b |wersja23=2008.01}}
+{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]]<br><font color="gray">Scientific Computing & Modelling</font>|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}}
-'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT).
+'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
-== ADF w WCSS ==
+== Licencja ==
-ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Dostępne wersje to '''2010.01''', '''2009.01b''', '''2008.01''' i '''2012.01''' (wersje archiwalne: '''2007.01''' i '''2006.01'''), wszystkie zainstalowane w drzewie '''/usr/local/'''. Licencja obejmuje także NBO (ang. ''Natural Bond Orbital'').
+Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
+*ADF
+*ADF BAND
+*REAXFF
+*COSMO-RS
+*DFTB
+*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).
-== Szybki start ==
+=== Informacja o wykorzystaniu ===
+Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
+* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
+{{Podziękowanie_WCSS}}
-=====Uruchamianie GUI ADF-a=====
+== Korzystanie w WCSS ==
-GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
+ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.
-{{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}}
-* Na [[Leo]]:
+=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
+Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.
- > source /usr/local/adf/env.sh
+Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:
- > /usr/local/adf/bin/adfview
-* Na [[Supernova]]:
+ > module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
+ > adfview
+W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:
+ ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl
+Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:
+ qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_<font color="green">wybrana_wersja</font>
+Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.
+ module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
+ adfview
- > module load adf
+'''Zobacz też:''' [[Przekierowanie_wyświetlania|Przekierowanie wyświetlania ]]
- > adfview
-=====Uruchamianie zadań w kolejce na [[Leo]]=====
+=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
-* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
-* konfiguracja buforów dyskowych '''na Leo''' - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
 * możliwe są obliczenia równoległe,
-* aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
+* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
-* następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:
+  #! /bin/sh
-  #!/bin/bash
+  $ADFBIN/adf << eor
-  source /usr/local/adf/env.sh
+ ATOMS
-  export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
+   O  0  0  0
-  cd /scratch/$USER/katalog-zadania
+   H  1  1  0
-  export NSCM=4
+   H -1  1  0
-  ./woda.run >&woda.wyniki
+ End
-:* nadać prawa wykonywania dla skryptów:
+ Basis
-  > chmod +x woda.sh woda.run
+  End
-:* wstawić zadanie do kolejki [[PBS]] pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie woda.sh:
+ Geometry
-  > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
+  End
+  eor
+* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
+  > chmod +x woda.run
+oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
+  > sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
-=====Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]]=====
+* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
-* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
-* liczba licencji: 64 procesory,
-* limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
-* możliwe są obliczenia równoległe,
-* aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
- > sub-adf woda.run short6h 4 500
-:* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać urucchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
   > sub-adf
-  Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
+  Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
+ Parameters:
+ -q queue (default - main)
+ -n nodes (default - 1)
+ -p cores (per node, default - 1)
+ -m memory (per node, in MB, default - 2000)
+ -w walltime (in hours, default - 504)
-=====Uwagi=====
+'''Uwaga'''
+* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
 * pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
-* jeśli podczas tworzenia pliku .run '''na Leo''' podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
- export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
-==Cytowanie==
+* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.
-Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
-* [http://www.scm.com/Doc/Doc2012/Background/References/page1.html wersja 2012]
-* [http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page1.html wersja 2009.01]
 == Dokumentacja ==
-=== ADF w sieci ===
+* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
 * [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
-**[http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
+* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
 * [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
-===Materiały dydaktyczne===
-W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:
 * [[Szkolenie ADF]]
 * [[Szkolenie ADF 2]]
+* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html  Teaching in ADF - BSc exercises]
 == Zobacz też ==