VMD: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
(Utworzono nową stronę "'''VMD''' jest programem ściśle zaprojektowanym na potrzeby wizualizacji dynamiki i analizy biocząstek oraz skomplikowanych układów biologicznych (kwasy nukleinowe,...") |
|||
| (Nie pokazano 14 wersji utworzonych przez 4 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD </small> | |
| + | {{aplikacja|nazwa=VMD|logo=[[Plik:vmd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.9.3|}} | ||
| + | ''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów). | ||
| + | |||
| + | == Licencja == | ||
| + | |||
| + | Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:800px-Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl. | ||
| + | |||
| + | == Uruchamianie VMD == | ||
| + | |||
| + | * Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine NoMachine]. Aby uruchomić program, należy w terminalu uruchomionym w aplikacji NoMachine użyć komendy: | ||
| + | > vmd | ||
| + | * Z programu VMD można także korzystać po uruchomieniu [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego zadania interaktywnego] i załadowaniu odpowiedniego [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Modu%C5%82y modułu]: | ||
| + | > qsub -X -I -l walltime=6:00:00 | ||
| + | > module load vmd/1.9.3-gcc6.2.0 | ||
| + | > vmd | ||
| + | |||
| + | == VMD w sieci == | ||
| + | * [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ Strona domowa VMD] | ||
| + | * [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale] | ||
| + | |||
| + | '''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] | ||
| + | |||
| + | {{oprogramowanie}} | ||
| + | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
| + | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Aktualna wersja na dzień 09:05, 5 sty 2017
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < VMD
| VMD | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 1.9.3 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
VMD (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).
Licencja
Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na stronie domowej produktu, zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji (Przykładowy zrzut), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.
Uruchamianie VMD
- Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine. Aby uruchomić program, należy w terminalu uruchomionym w aplikacji NoMachine użyć komendy:
> vmd
- Z programu VMD można także korzystać po uruchomieniu zadania interaktywnego i załadowaniu odpowiedniego modułu:
> qsub -X -I -l walltime=6:00:00 > module load vmd/1.9.3-gcc6.2.0 > vmd
VMD w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|