NAMD: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 10 wersji utworzonych przez 4 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=|serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=[[Plik:namd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''2.13'''|wersja2=2.11|wersja3=2.9|wersja4=2.7}} |
== NAMD == | == NAMD == | ||
| − | NAMD(''NAnoscale Molecular Dynamics'') kod przeprowadzający wysoko-jakościową | + | NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu. |
== Korzystanie w WCSS == | == Korzystanie w WCSS == | ||
| − | NAMD w | + | NAMD w wersjach 2.13 (domyślna), 2.11, 2.9 oraz 2.7 zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/namd/ |
| − | |||
== Licencja == | == Licencja == | ||
| − | Aby | + | Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:screennmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl. |
* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst: | * W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst: | ||
| Linia 27: | Linia 26: | ||
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD. | Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD. | ||
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005. | Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005. | ||
| − | + | * Informacje o wykorzystaniu: | |
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu] | * [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu] | ||
| − | * [http://www.ks.uiuc.edu/ | + | * [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd/namd-tutorial-unix-html/index.html Podręcznik użytkownika] |
Aktualna wersja na dzień 08:58, 30 lis 2018
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NAMD
| NAMD | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 2.13 2.11 2.9 2.7 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
NAMD
NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu.
Korzystanie w WCSS
NAMD w wersjach 2.13 (domyślna), 2.11, 2.9 oraz 2.7 zainstalowany jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/namd/
Licencja
Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na stronie domowej produktu, zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji (Przykładowy zrzut), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.
- W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University of Illinois at Urbana-Champaign.
- oraz podać w bibliografii:
James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD. Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
- Informacje o wykorzystaniu:
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|