NBO: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| (Nie pokazano 5 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NBO</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NBO</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=NBO|serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=NBO|serwer=[[Bem]]|wersja=6.0}} |
=== NBO === | === NBO === | ||
Program NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktury Lewisa. | Program NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktury Lewisa. | ||
| − | Program | + | Program determinuje: |
| − | * | + | * Naturalny orbital atomowy (NAOs) |
| − | * | + | * Naturalny orbital hybrydowy (NHOs) |
| − | * | + | * Naturalny orbital wiążący (NBOs) |
| − | * Naturalnie | + | * Naturalnie zlokalizowany orbital molekularny (NLMOs) |
=== Wstawianie zadań === | === Wstawianie zadań === | ||
| Linia 16: | Linia 16: | ||
module load nbo/6.0 | module load nbo/6.0 | ||
| − | * użycie NBO wraz z Gaussianem 2009 D.01 wymaga załadowania innego modułu i następnie uruchomienie g09. Zalecane jest użycie zadania interaktywnego. Jeśli zadanie g09 wymaga podania liczby procesorów lub wielkości pamięci innych niż domyślne, to należy dodać odpowiednie karty %nproc i %mem do pliku danych g09. | + | * użycie NBO wraz z [[Gaussian|Gaussianem]] 2009 D.01 wymaga załadowania innego modułu i następnie uruchomienie g09. Zalecane jest użycie zadania interaktywnego. Jeśli zadanie g09 wymaga podania liczby procesorów lub wielkości pamięci innych niż domyślne, to należy dodać odpowiednie karty %nproc i %mem do pliku danych g09. |
| − | module load nbo/6.0- | + | module load nbo/6.0-g09d01 |
g09 plik_danych.inp plik_wynikow.log | g09 plik_danych.inp plik_wynikow.log | ||
| − | * użycie NBO wraz z GAMESS | + | * Aktualnie NBO nie posiada wsparcia dla najnowszego Gaussiana 2009 E01. Mimo to, WCSS udostępnia moduł do użycia na własną odpowiedzialność użytkowników: |
| − | sub-gamess | + | module load nbo/6.0-g09e01 |
| + | |||
| + | * użycie NBO wraz z [[GAMESS]]-em mozliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu skryptu: | ||
| + | sub-gamess | ||
| + | |||
| + | * użycia NBO wraz z [[Orca]] poprzez załadowanie modułów: | ||
| + | module load nbo/6.0-orca4 | ||
| + | module load orca/4.0.0-intel16.0 | ||
| + | |||
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
| + | |||
| + | === NBO w sieci === | ||
| + | * [https://www.chem.wisc.edu/~nbo5/ Strona domowa NBO] | ||
| + | |||
{{oprogramowanie}} | {{oprogramowanie}} | ||
Aktualna wersja na dzień 09:06, 21 sty 2019
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NBO
| NBO | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | 6.0 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
NBO
Program NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktury Lewisa.
Program determinuje:
- Naturalny orbital atomowy (NAOs)
- Naturalny orbital hybrydowy (NHOs)
- Naturalny orbital wiążący (NBOs)
- Naturalnie zlokalizowany orbital molekularny (NLMOs)
Wstawianie zadań
- użycie NBO wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:
module load nbo/6.0
- użycie NBO wraz z Gaussianem 2009 D.01 wymaga załadowania innego modułu i następnie uruchomienie g09. Zalecane jest użycie zadania interaktywnego. Jeśli zadanie g09 wymaga podania liczby procesorów lub wielkości pamięci innych niż domyślne, to należy dodać odpowiednie karty %nproc i %mem do pliku danych g09.
module load nbo/6.0-g09d01 g09 plik_danych.inp plik_wynikow.log
- Aktualnie NBO nie posiada wsparcia dla najnowszego Gaussiana 2009 E01. Mimo to, WCSS udostępnia moduł do użycia na własną odpowiedzialność użytkowników:
module load nbo/6.0-g09e01
- użycie NBO wraz z GAMESS-em mozliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu skryptu:
sub-gamess
- użycia NBO wraz z Orca poprzez załadowanie modułów:
module load nbo/6.0-orca4 module load orca/4.0.0-intel16.0
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
NBO w sieci
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|