Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami
m |
|||
| (Nie pokazano 4 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:gromacs-logo.gif| | + | {{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:gromacs-logo.gif|240px]]|serwer=[[Bem]]| wersja4=2018.4 |wersja3=5.1.1 |wersja2='''5.0.4''' |wersja=4.6.7 }} |
'''Gromacs''' (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów. | '''Gromacs''' (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów. | ||
| Linia 57: | Linia 57: | ||
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z odpowiedniego polecenia, np: | Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z odpowiedniego polecenia, np: | ||
| − | > module load gromacs/4. | + | > module load gromacs/4.6.7-intel15.0 |
| − | > module load gromacs/ | + | > module load gromacs/5.0.4-intel15.0 |
| − | > module load gromacs/ | + | > module load gromacs/5.1.1-intel15.0 |
W celu sprawdzenia jakie moduły są dostępne należy skorzystać z polecenia | W celu sprawdzenia jakie moduły są dostępne należy skorzystać z polecenia | ||
Aktualna wersja na dzień 10:56, 20 lis 2018
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Gromacs | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 4.6.7 5.0.4 5.1.1 2018.4 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Gromacs (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Gromacs w WCSS
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu lub napisać własny. Aby skorzystać z gotowego skryptu wystarczy wywołać polecenie:
> sub-gromacs plik.tpr [parametry]
Gdzie:
- Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję programu.
- plik.tpr - plik z danymi wejściowymi
- Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
- -q kolejka (domyślnie normal)
- -n liczba_węzłów (domyślnie 1)
- -n liczba_rdzeni_na_węzeł (domyślnie 4)
- -m ilosc_pamieci_na_węzeł_w_MB (domyślnie 7200)
- -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)
- -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję
-cpi plik_checkpoint, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)
Starsze wersje programu, jeśli są wspierane dostępne są przez skrypt z oznaczeniem wersji, np:
> sub-gromacs4.5.3 plik_wejsciowy.tpr [parametry]
Gdzie:
- Polecenie uruchamia wersję 4.5.3 programu.
- plik_wejsciowy.tpr - plik z danymi wejściowymi
- Parametry w nawiasie [ ] są opcjonalne.
- -q kolejka (domyślnie normal)
- -n liczba_rdzeni (domyślnie 4)
- -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)
- -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)
- -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję
-cpi plik_checkpoint, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)
Skrypty do obliczeń, przygotowane przez administratorów, są dostępne dla wersji 4.0.7 (single), 4.5.3 (single), 4.5.5 (single, double), 4.6.3 (single) oraz 5.0.2 (single).
- Uwaga
- Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "
-ntomp <liczba wątków>". Zatem aby wykonać obliczenia z ustaloną liczbą wątków należy uruchmić zadanie interaktywne
> qsub -I -l select=1:ncpus=N
- i skorzystać z polecenia
> mdrun -ntomp N -ntmpi 1 -deffnm plik
- gdzie plik to nazwa pliku z rozszerzeniem .tpr
Środowisko aplikacji
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.
Załadowanie modułu w powłoce:
> module load gromacs
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń grompp i mdrun domyślnej (najnowszej) wersji pakietu Gromacs.
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z odpowiedniego polecenia, np:
> module load gromacs/4.6.7-intel15.0 > module load gromacs/5.0.4-intel15.0 > module load gromacs/5.1.1-intel15.0
W celu sprawdzenia jakie moduły są dostępne należy skorzystać z polecenia
> module avail gromacs
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|