ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 21 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
−
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Bem]] |wersja=2014.01 i 2014.10 }}
+
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]]<br><font color="gray">Scientific Computing & Modelling</font>|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}}
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
−
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
+
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
 
*ADF
 
*ADF
 
*ADF BAND
 
*ADF BAND
Linia 14: Linia 14:
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
 
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
−
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2013/Background/References/page1.html wersja 2013]
 
 
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
 
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
Linia 22: Linia 21:
  
 
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
 
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
−
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Służy do tego
+
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.
−
[[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Można również zalogować się na maszynę ui.wcss.pl korzystając z klienta ssh
+
 
−
> ssh -X login@ui.wcss.pl
+
Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:
−
Innym sposobem jest uruchomienie aplikacji graficznych w [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadaniu interaktywnym]]
+
 
−
> qsub -I -X
+
  > module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
−
  > module load adf
 
 
  > adfview
 
  > adfview
−
Praca z aplikacjami graficznymi w zadaniu interaktywnym jak i po zalogowaniu się z użyciem klienta ssh jest wolniejsza niż z wykorzystaniem klienta NoMachine.
+
 
 +
W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:
 +
 
 +
ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl
 +
 
 +
Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:
 +
 
 +
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_<font color="green">wybrana_wersja</font>
 +
 
 +
Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.
 +
 
 +
module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
 +
adfview
 +
 
 +
'''Zobacz też:''' [[Przekierowanie_wyświetlania|Przekierowanie wyświetlania ]]
  
 
=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
 
=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
−
* '''na klastrze Bem obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
 
−
* liczba licencji: 64 rdzienie,
 
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
−
* aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:
+
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
 +
#! /bin/sh
 +
$ADFBIN/adf << eor
 +
ATOMS
 +
  O  0  0  0
 +
  H  1  1  0
 +
  H -1  1  0
 +
End
 +
Basis
 +
End
 +
Geometry
 +
End
 +
eor
 +
 
 +
* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
 
  > chmod +x woda.run
 
  > chmod +x woda.run
 
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
 
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
 
  > sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
 
  > sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
  
−
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
+
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
 
  > sub-adf
 
  > sub-adf
 
  Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
 
  Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Linia 49: Linia 73:
 
  -m memory (per node, in MB, default - 2000)
 
  -m memory (per node, in MB, default - 2000)
 
  -w walltime (in hours, default - 504)
 
  -w walltime (in hours, default - 504)
 +
 +
'''Uwaga'''
 +
 +
* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
  
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  
−
* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.
+
* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 +
* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
 
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
 
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
 
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
 
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]

Aktualna wersja na dzień 06:21, 30 cze 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
text
Scientific Computing & Modelling
Serwer Wersja
Bem 2014.10
2016.108
2017.105
2018.104
2019.102
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

  • ADF
  • ADF BAND
  • REAXFF
  • COSMO-RS
  • DFTB
  • GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego klient NoMachine. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy: 

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji: 

ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl

Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.: 

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja

Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview. 

module load adf/wybrana_wersja
adfview

Zobacz też: Przekierowanie wyświetlania

Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem

  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • należy wcześniej przygotować pliki danych np. woda.run, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
  O  0  0  0
  H  1  1  0
  H -1  1  0
End
Basis
End
Geometry
End
eor
  • aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main: 

> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Uwaga

  • na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

Zobacz też

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ADF&oldid=6099”