Dalton: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 4: | Linia 4: | ||
== Licencja == | == Licencja == | ||
| − | + | WCSS posiada darmową licencję instytucjonalną na Daltona 2.0. | |
Użytkownicy korzystający z Daltona zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści: | Użytkownicy korzystający z Daltona zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści: | ||
| Linia 14: | Linia 14: | ||
Dalton w wersji 2.0 jest zainstalowany na klastrze [[Nova]], w katalogu: | Dalton w wersji 2.0 jest zainstalowany na klastrze [[Nova]], w katalogu: | ||
/usr/local/dalton-2.0 | /usr/local/dalton-2.0 | ||
| + | Dostępna jest wersja sekwencyjna i równoległa programu. | ||
| + | /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton.x | ||
| + | /usr/local/dalton-2.0/bin/dalpar.x | ||
;Uruchamianie | ;Uruchamianie | ||
| Linia 30: | Linia 33: | ||
; Wstawianie do kolejki | ; Wstawianie do kolejki | ||
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia: | Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia: | ||
| − | sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB kolejka | + | sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow] |
Gdzie: | Gdzie: | ||
| Linia 36: | Linia 39: | ||
* <code>plik.mol</code> - plik wejściowy z danymi | * <code>plik.mol</code> - plik wejściowy z danymi | ||
* <code>wielkosc_pamieci_w_MB</code> - całkowity rozmiar pamięci RAM dla zadania | * <code>wielkosc_pamieci_w_MB</code> - całkowity rozmiar pamięci RAM dla zadania | ||
| − | * <code>kolejka</code> - kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie | + | * <code>kolejka</code> - parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal. |
| + | * <code>liczba_procesorow</code> - parametr opcjonalny, liczba procesorów dla zadania, wartość domyślna: 1 CPU, może przyjmować wartości 1,2 lub wielokrotność 4. | ||
| + | |||
| + | ;Obliczenia równoległe | ||
| + | Dalton w wersji równoległej korzysta z [[MVAPICH]] (procesy komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy <code>mpiexec</code> (a nie <code>mpirun</code>). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: <code>/usr/locla/bin/mpiexec</code>. | ||
| + | |||
| + | Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe. | ||
| + | |||
| + | Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład: | ||
| + | sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB kolejka liczba_procesorow | ||
| + | sub-dalton calc.dal h2o.mol 4000 parallel 2 | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 11:48, 19 lut 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Dalton - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych. Pozwala wyznaczać właściwości molekularne, w tym optyczne i elektryczne (np. liniowe i nieliniowe polaryzowalności) oraz magnetyczne (NMR, podatność magnetyczna). Udostępnia metody obliczeniowe: Hartree-Focka, wielokonfiguracyjną metodę pola samouzgodnionego, sprzężonych klasterów, teorię funkcjonału gęstości (z metodą Kohna-Shama). Jako bazy funkcyjnej program używa funkcji Gaussa (Gaussian type orbitals, GTO).
Licencja
WCSS posiada darmową licencję instytucjonalną na Daltona 2.0.
Użytkownicy korzystający z Daltona zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści:
"DALTON, a molecular electronic structure program, Release 2.0 (2005), see http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html "
Korzystanie w WCSS
Dalton w wersji 2.0 jest zainstalowany na klastrze Nova, w katalogu:
/usr/local/dalton-2.0
Dostępna jest wersja sekwencyjna i równoległa programu.
/usr/local/dalton-2.0/bin/dalton.x /usr/local/dalton-2.0/bin/dalpar.x
- Uruchamianie
Polecenie do uruchamiania aplikacji:
/usr/local/dalton-2.0/bin/dalton
Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik .dal) oraz danych (plik .mol). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików:
> ls calc.dal h2o.mol > /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton calc h2o
Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. h2o.dal i h2o.mol, program można uruchomić następująco:
> /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton h2o
- Wstawianie do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia:
sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]
Gdzie:
plik.dal- plik wejściowy z instrukcjamiplik.mol- plik wejściowy z danymiwielkosc_pamieci_w_MB- całkowity rozmiar pamięci RAM dla zadaniakolejka- parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal.liczba_procesorow- parametr opcjonalny, liczba procesorów dla zadania, wartość domyślna: 1 CPU, może przyjmować wartości 1,2 lub wielokrotność 4.
- Obliczenia równoległe
Dalton w wersji równoległej korzysta z MVAPICH (procesy komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy mpiexec (a nie mpirun). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: /usr/locla/bin/mpiexec.
Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.
Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład:
sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB kolejka liczba_procesorow sub-dalton calc.dal h2o.mol 4000 parallel 2
Dokumentacja
- Strona domowa pakietu
- Manual: PDF
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|