APBS: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
(→APBS) |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | {{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | ||
| − | |||
| − | + | ''' APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)''' - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. | |
| − | ''' APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)''' - pakiet umożliwiający ocenę | ||
| − | Aplikacja m.in. | + | Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH. |
Rejony zastosowań: | Rejony zastosowań: | ||
| − | * symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko | + | * symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko, |
| − | + | * symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika, | |
| − | * symulacja z | + | * kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji, |
| − | + | * miareczkowanie białek. | |
| − | * kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji | ||
| − | |||
| − | * miareczkowanie białek | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 11:17, 17 wrz 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych.
Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.
Rejony zastosowań:
- symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
- symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
- kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
- miareczkowanie białek.