APBS

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < APBS

APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.

Obszary zastosowań:

• symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
• symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
• kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
• miareczkowanie białek.

Licencja

Oprogramowanie udostępniane jest na otwartej licencji.

Informacje o wykorzystaniu

Użytkownicy korzystający z pakietu powinni cytować go w swoich publikacjach zgodnie ze wskazówkami autorów na stronie [1].

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Środowisko i praca interaktywna

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek PBS, np:

> qsub -I

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:

> module load apbs (dla wersji domyślnej - najnowszej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), np.:

> apbs <plik_wejsciowy>

Uruchamianie zadań w kolejce

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie:

> sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka] 

Gdzie:

• plik-wejsciowy - plik z danymi programu
• liczba-procesorow - łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzenie
• pamiec - zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB.

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu