ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | {{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | ||
| − | '''ABINIT''' | + | '''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe. |
== Licencja == | == Licencja == | ||
| Linia 7: | Linia 7: | ||
== Korzystanie w WCSS == | == Korzystanie w WCSS == | ||
| − | |||
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji: | ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji: | ||
| − | * | + | * 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna) |
| + | * 6.6.3 (wersja równoległa) | ||
| + | Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji): | ||
| + | > module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej) | ||
| + | > module load abinit/6.6.3 | ||
| + | > module load abinit/6.4.3 | ||
| − | + | Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu): | |
| − | + | > abinit | |
| + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
| − | + | Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie: | |
| − | + | > sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB] | |
| − | |||
| − | |||
| − | Do wstawiania zadań | + | Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie: |
| − | sub-abinit plik.files [kolejka | + | > sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB] |
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
Wersja z 13:55, 9 cze 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe.
Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.
Korzystanie w WCSS
ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
- 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
- 6.6.3 (wersja równoległa)
Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load abinit/6.6.3 > module load abinit/6.4.3
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|