ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 11:49, 6 lip 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ADF

Serwer	Wersja
Leo	2010.01 2009.01b 2008.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).

ADF w WCSS

ADF zainstalowany jest na Leo. Dostępne wersje to 2010.01, 2009.01b i 2008.01 (wersje archiwalne: 2007.01 i 2006.01), wszystkie zainstalowane w drzewie /usr/local/. Licencja obejmuje także NBO.

Szybki start

Uruchamianie GUI ADF-a

(adfinput, adfview i innych)

GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

!	Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione.

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview

Uruchamianie w kolejce

ważne - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
możliwe są obliczenia równoległe,
na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na Leo:

#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki

nadać prawa wykonywania:

> chmod +x woda.sh
> chmod +x woda.run

wstawić do kolejki PBS

> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh

Uwagi

pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:

export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Cytowanie

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)

Dokumentacja

ADF w sieci

Materiały dydaktyczne

W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:

Zobacz też

Oprogramowanie KDM
system kolejkowania zadań PBS

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
-{{zasobytab|logo= |serwery=[[Leo]]}}
+{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Leo]]|wersja=2010.01|wersja2=2009.01b|wersja3=2008.01}}
 '''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT).
@@ Linia 44: / Linia 44: @@
 Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
 http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)
 == Dokumentacja ==
 === ADF w sieci ===
@@ Linia 54: / Linia 55: @@
 * [[Szkolenie ADF]]
 * [[Szkolenie ADF 2]]
 == Zobacz też ==
 * [[Oprogramowanie KDM]]