Amber: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 5: | Linia 5: | ||
Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. | Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. | ||
Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. | Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. | ||
| − | Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie, | + | Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie, odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools. |
W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to: | W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to: | ||
| − | sander - | + | sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa. Największych |
| − | + | pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU | |
| − | + | nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadza analizę wibracyjną, | |
* [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | * [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | ||
{{Oprogramowanie}} | {{Oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
Wersja z 14:14, 3 cze 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Amber Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie, odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.
W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to: sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa. Największych pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadza analizę wibracyjną,
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|