Amber: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 8: | Linia 8: | ||
W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to: | W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to: | ||
| − | sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, | + | sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF |
pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU | pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU | ||
| − | nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, | + | nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych |
| + | LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł | ||
| + | antechamber - | ||
| + | ptraj - narzędzie do analizy wyników wyników | ||
| + | mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej | ||
| + | |||
* [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | * [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | ||
{{Oprogramowanie}} | {{Oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
Wersja z 14:58, 3 cze 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Amber Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.
W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to: sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł antechamber - ptraj - narzędzie do analizy wyników wyników mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|