ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 45: | Linia 45: | ||
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
| + | |||
| + | == Uwagi == | ||
| + | ; Restartowanie obliczeń | ||
| + | :Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK. | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 14:17, 16 cze 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ABINIT | |
|---|---|
| Serwery | |
| {{{serwery}}} | |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl |
ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe.
Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.
Korzystanie w WCSS
ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
- 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
- 6.6.3 (wersja równoległa)
Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load abinit/6.6.3 > module load abinit/6.4.3
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit
- Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
Gdzie:
- Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
plik.files- plik z danymi sterującymi dla programu;kolejka- nazwa kolejki PBS, domyślnieparallel;liczba_procesorow- liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;wielkosc pamieci per CPU w MB- wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.
Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
Gdzie:
- Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
- Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
plik.files- plik z danymi sterującymi dla programu;kolejka- nazwa kolejki PBS, domyślnienormal;wielkosc pamieci per CPU w MB- wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Uwagi
- Restartowanie obliczeń
- Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|