Insight II: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small>
 
{{aplikacja|nazwa=Insight II|logo=|serwer=[[Tezro]]|wersja=2005|wersja2=2000.1|wersja3=4.00P+}}
 
{{aplikacja|nazwa=Insight II|logo=|serwer=[[Tezro]]|wersja=2005|wersja2=2000.1|wersja3=4.00P+}}
−
'''Insight II''' - oprogramowanie chemiczne firmy [[Accelrys]]. Oba pakiety Insight II i [[Cerius2]] przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliowścią pracy zdalnej [[Przekierowanie wyświetlania|via X11]] lub GLX.
+
'''Insight II''' - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy [[Accelrys]], funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu tej firmy: [[Discovery Studio]]. Oba, nierozwijane już pakiety Insight II i [[Cerius2]], przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej [[Przekierowanie wyświetlania|via X11]] lub GLX.
−
 
 
−
Funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu firmy Accelrys: [[Discovery Studio]].
 
  
 
==== Uruchamianie aplikacji ====
 
==== Uruchamianie aplikacji ====
−
Apliakcja w WCSS dostępna jest na komputerze [[Tezro]] z systemem kolejkowania [[OpenPBS|PBS]]. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
+
Aplikacja w WCSS dostępna jest na komputerze [[Tezro]] z systemem kolejkowania [[OpenPBS|PBS]]. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki <code>short</code>. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
  
 
  > '''insight'''      (domyślnie wersja 2005)
 
  > '''insight'''      (domyślnie wersja 2005)
Linia 17: Linia 15:
  
 
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
 
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
−
 
 
Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].
 
Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].
  

Wersja z 10:05, 6 lip 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Insight II
Serwer Wersja
Tezro 2005
2000.1
4.00P+
Kontakt
kdm@wcss.pl

Insight II - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys, funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu tej firmy: Discovery Studio. Oba, nierozwijane już pakiety Insight II i Cerius2, przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej via X11 lub GLX.

Uruchamianie aplikacji

Aplikacja w WCSS dostępna jest na komputerze Tezro z systemem kolejkowania PBS. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin): 

> insight       (domyślnie wersja 2005)
> insight_2000.1 
> insight_400
Znane problemy
  • InsightII 2005
Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez ssh -X tezro wystarczy uruchomić polecenie insight). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem insight_2000.1 -X11.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.

Insight II w sieci:

Zobacz też : Licencja i żetony


Oprogramowanie
naukowe 		Biovia Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]
Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Insight_II&oldid=1993”