ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 4: Linia 4:
  
 
== ADF w WCSS ==
 
== ADF w WCSS ==
−
ADF zainstalowany jest na [[Leo]]. Dostępne wersje to '''2010.01''', '''2009.01b''' i '''2008.01''' (wersje archiwalne: '''2007.01''' i '''2006.01'''), wszystkie zainstalowane w drzewie '''/usr/local/'''. Licencja obejmuje także NBO (ang. ''Natural Bond Orbital'').
+
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Dostępne wersje to '''2010.01''', '''2009.01b''', '''2008.01''' i '''2012.01''' (wersje archiwalne: '''2007.01''' i '''2006.01'''), wszystkie zainstalowane w drzewie '''/usr/local/'''. Licencja obejmuje także NBO (ang. ''Natural Bond Orbital'').
  
 
== Szybki start ==
 
== Szybki start ==
  
−
;Uruchamianie GUI ADF-a  
+
;Uruchamianie GUI ADF-a:
 
(adfinput, adfview i innych)
 
(adfinput, adfview i innych)
  
 
GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
 
GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
 
{{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}}
 
{{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}}
 +
 +
* Na [[Leo]]:
  
 
  > source /usr/local/adf/env.sh
 
  > source /usr/local/adf/env.sh
 
  > /usr/local/adf/bin/adfview  
 
  > /usr/local/adf/bin/adfview  
 +
 +
* Na [[Supernova]]:
 +
 +
> module load adf
 +
> adfview
  
 
;Uruchamianie w kolejce:
 
;Uruchamianie w kolejce:
−
* '''ważne''' - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
+
* konfiguracja buforów dyskowych '''na Leo''' - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
 
* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
 
* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
−
* aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
+
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
−
* następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na [[Leo]]:
+
* na Leo, aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
 +
** następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na [[Leo]]:
 
  #!/bin/bash
 
  #!/bin/bash
 
  source /usr/local/adf/env.sh
 
  source /usr/local/adf/env.sh
Linia 29: Linia 37:
 
  export NSCM=4
 
  export NSCM=4
 
  ./woda.run >&woda.wyniki
 
  ./woda.run >&woda.wyniki
−
* nadać prawa wykonywania:
+
** nadać prawa wykonywania:
 
  > chmod +x woda.sh
 
  > chmod +x woda.sh
 
  > chmod +x woda.run
 
  > chmod +x woda.run
−
* wstawić do kolejki [[PBS]]
+
** wstawić do kolejki [[PBS]]
 
  > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
 
  > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
−
 
+
* na Supernova, aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki skryptem '''sub-adf''':
 +
> sub-adf woda.run short6h 4 500
 +
** ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać urucchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
 +
> sub-adf
 +
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
 +
 
;Uwagi:
 
;Uwagi:
  
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
−
* jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
+
* jeśli podczas tworzenia pliku .run '''na Leo''' podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
 
  export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
 
  export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
  

Wersja z 15:33, 7 mar 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ADF
Serwer Wersja
Leo 2010.01
2009.01b
2008.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).

ADF w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova oraz na Leo. Dostępne wersje to 2010.01, 2009.01b, 2008.01 i 2012.01 (wersje archiwalne: 2007.01 i 2006.01), wszystkie zainstalowane w drzewie /usr/local/. Licencja obejmuje także NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Szybki start

Uruchamianie GUI ADF-a

(adfinput, adfview i innych)

GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

! Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. 
> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview 

> module load adf
> adfview
Uruchamianie w kolejce
  • konfiguracja buforów dyskowych na Leo - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
  • na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
  • na Leo, aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
    • następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na Leo:
#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki
    • nadać prawa wykonywania:
> chmod +x woda.sh
> chmod +x woda.run
    • wstawić do kolejki PBS
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
  • na Supernova, aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki skryptem sub-adf:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
    • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać urucchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
Uwagi
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • jeśli podczas tworzenia pliku .run na Leo podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Cytowanie

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)

Dokumentacja

ADF w sieci

Materiały dydaktyczne

W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:

Zobacz też

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ADF&oldid=2880”