LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small> | ||
| + | {{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=LAMMPS 20140201}} | ||
| + | '''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej. | ||
| + | |||
| + | == Licencja == | ||
| + | Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. | ||
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
| + | |||
| + | == LAMMPS w WCSS == | ||
| + | ==== Wstawianie zadań do kolejki ==== | ||
| + | Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu. Służy do tego polecenie: | ||
| + | |||
| + | > '''sub-lammps''' in.plik [kolejka] [liczba węzłów] [liczba rdzeni] [pamięć w MB] | ||
| + | |||
| + | === Praca w trybie interaktywnym === | ||
| + | Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]: | ||
| + | > qsub -I | ||
| + | |||
| + | Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: | ||
| + | > module load lammps/20140201 | ||
| + | Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu: | ||
| + | > lmp_wcss <in.plik | ||
| + | lub | ||
| + | > mpirun -np x lmp_wcss <in.plik | ||
| + | gdzie: | ||
| + | * x - liczba zrównoleglanych procesów | ||
| + | * in.plik - plik inputowy | ||
| − | |||
Wersja z 08:10, 10 lut 2015
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS
| LAMMPS | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | LAMMPS 20140201 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
LAMMPS w WCSS
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu. Służy do tego polecenie:
> sub-lammps in.plik [kolejka] [liczba węzłów] [liczba rdzeni] [pamięć w MB]
Praca w trybie interaktywnym
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:
> qsub -I
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load lammps/20140201
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
- x - liczba zrównoleglanych procesów
- in.plik - plik inputowy
- Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|