GAMESS: Różnice pomiędzy wersjami
m |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja= | + | {{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2010.10.01-R1 |wersja2=2012.05.01-R2 |wersja3=2013.05.01-R1}} |
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy. | '''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy. | ||
| Linia 124: | Linia 124: | ||
== GAMESS w WCSS == | == GAMESS w WCSS == | ||
| − | Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Supernova]] | + | Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Supernova]]. |
;Wstawianie zadań do kolejki: | ;Wstawianie zadań do kolejki: | ||
| Linia 130: | Linia 130: | ||
sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow] | sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow] | ||
| − | Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu | + | Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania. |
GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym. | GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym. | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
| − | Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess | + | Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS: |
* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu | * INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu | ||
Wersja z 12:27, 6 lut 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < GAMESS
| GAMESS | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 2010.10.01-R1 2012.05.01-R2 2013.05.01-R1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.
Informacje ogólne
Niektóre z możliwości programu to:
- wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
- wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
- wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
- wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
- szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.
Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.
- Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
| Typ SCF= | RHF | ROHF | UHf | GVB | MCSCF |
| energia | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| gradienty analityczne | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| numeryczny Hessian | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| analityczny Hessian | CDP | CDP | - | CDP | - |
| energia CI | CDP | CDP | - | CDP | CDP |
| gradient CI | CD | - | - | - | - |
| energia MP2 | CDP | CDP | CDP | - | CP |
| gradient MP2 | CDP | - | CD | - | - |
| energia CC | CD | - | - | - | - |
| energia DFT | CDP | CDP | CDP | - | - |
| gradient DFT | CDP | CDP | CDP | - | - |
| energia MOPAC | tak | tak | tak | tak | - |
| gradient MOPAC | tak | tak | tak | - | - |
Legenda:
C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)
D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)
P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)
GAMESS w WCSS
Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze Supernova.
- Wstawianie zadań do kolejki
sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow]
Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.
GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.
Dokumentacja
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess/WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:
- INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
- INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
- TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
- REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
- PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
- IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny
GAMESS w sieci
Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|