Insight II: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 09:34, 9 lut 2010

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Zasoby

Tezro

Insight II - oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys. Oba pakiety Insight II i Cerius2 przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliowścią pracy zdalnej via X11 lub GLX.

Funkcjonalność Insight II jest także dostępna w innym produkcie firmy Accelrys: Discovery Studio.

Wersje

Wersje zainstalowane i dostępne w WCSS:

InsightII 2005
InsightII 2000.1
Insight 4.00P+

Uruchamianie aplikacji

Apliakcja w WCSS dostępna jest na komputerze Tezro z systemem kolejkowania PBS. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):

> insight       (domyślnie wersja 2005)
> insight_2000.1 
> insight_400

Znane problemy

InsightII 2005

Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez ssh -X tezro wystarczy uruchomić polecenie insight). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem insight_2000.1 -X11.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.

Insight II w sieci:

Zobacz też : Licencja i żetony

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 3: / Linia 3: @@
 '''Insight II''' - oprogramowanie chemiczne firmy [[Accelrys]]. Oba pakiety Insight II i [[Cerius2]] przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliowścią pracy zdalnej [[Przekierowanie wyświetlania|via X11]] lub GLX.
-Funkcjonalność Insight II jest dostępna w [[Discovery Studio]].
+Funkcjonalność Insight II jest także dostępna w innym produkcie firmy Accelrys: [[Discovery Studio]].
-====Wersje====
+==== Wersje ====
 Wersje zainstalowane i dostępne w WCSS:
 *InsightII 2005
@@ Linia 10: / Linia 11: @@
 *Insight 4.00P+
-====Uruchamianie aplikacji====
+==== Uruchamianie aplikacji ====
 Apliakcja w WCSS dostępna jest na komputerze [[Tezro]] z systemem kolejkowania [[OpenPBS|PBS]]. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
@@ Linia 17: / Linia 18: @@
   > '''insight_400'''
-=====Znane problemy=====
+===== Znane problemy =====
 *InsightII 2005
-:Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez <code>ssh -X tezro</code> wystarczy uruchomić polecenie <code>insight</code>). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem <code>insight_2000.1 -X11</code>. Administratorzy pracują nad rozwiązaniem problemu.
+:Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez <code>ssh -X tezro</code> wystarczy uruchomić polecenie <code>insight</code>). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem <code>insight_2000.1 -X11</code>.
-====Wstawianie zadań do kolejki====
+==== Wstawianie zadań do kolejki ====
 Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].
-====Dokumentacja====
+==== Dokumentacja ====
 Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6.