ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 10:47, 9 lut 2010

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby

Leo

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).

ADF w WCSS

ADF zainstalowany jest na Leo. Dostępne wersje to 2009.01b i 2008.01 (wersje archiwalne: 2007.01 i 2006.01), wszystkie zainstalowane w drzewie /usr/local/. Licencja obejmuje także NBO.

Szybki start

Uruchamianie GUI ADF-a

(adfinput, adfview i innych)

GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview

Uruchamianie w kolejce

ważne - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
możliwe są obliczenia równoległe,
na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na Leo:

#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki

nadać prawa wykonywania:

> chmod +x woda.sh
> chmod +x woda.run

wstawić do kolejki PBS

> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh

Uwagi

pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:

export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Dokumentacja

ADF w sieci

Zobacz też

Szkolenie ADF 2
Oprogramowanie KDM
system kolejkowania zadań PBS

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 {{zasobytab|logo= |serwery=[[Leo]]}}
-'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń typu Density function theory (DFT). Informacja o pakiecie w języku polskim na stronie UJ [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf].
+'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory, DFT).
 == ADF w WCSS ==
@@ Linia 44: / Linia 44: @@
 * [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
 **[http://www.scm.com/forums/viewtopic.php?t=12 ADF FAQ z 2006 roku]
-*[http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ]
+* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
 == Zobacz też ==