NWChem: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 19: | Linia 19: | ||
> sub-nwchem test.nw parallel 4 7000 | > sub-nwchem test.nw parallel 4 7000 | ||
| + | |||
| + | ;Plik wejściowy | ||
| + | Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem. Uruchomione zostaną obliczenia RHF/3-21G dla N2. | ||
| + | <pre> | ||
| + | start n2 | ||
| + | title; nitrogen | ||
| + | memory total 16 mb | ||
| + | geometry units angstrom | ||
| + | n 0.0 0.0 0.0 | ||
| + | n 0.0 0.0 1.1 | ||
| + | end | ||
| + | basis | ||
| + | n library 3-21G | ||
| + | end | ||
| + | task scf | ||
| + | </pre> | ||
| + | Jeżeli plik wejściowy ma nazwę '''n2.nw''', obliczenia zleci się poleceniem: | ||
| + | > sub-nwchem n2.nw parallel 4 200 | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 12:05, 4 mar 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
Korzystanie z pakietu w WCSS
Obecnie zainstalowaną wersją pakietu NWChem jest ver. 5.1, skompilowana przy użyciu Global Arrays toolkit ver 4.1b.
Obliczenia uruchamia się poleceniem:
> sub-nwchem plik_danych.nw kolejka liczba_procesorow pamięc-w-MB
gdzie:
- plik_danych.inp - plik z danymi programu
- kolejka - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
- liczba_procesorow - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, jeśli parametr ten jest podany, jego wartość powinna być wielokrotnością 4.
- pamiec-w-MB - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.
Przykład uruchomienia (kolejka parallel, zadanie 4 procesorowe, z pamięcią 7 GB):
> sub-nwchem test.nw parallel 4 7000
- Plik wejściowy
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem. Uruchomione zostaną obliczenia RHF/3-21G dla N2.
start n2 title; nitrogen memory total 16 mb geometry units angstrom n 0.0 0.0 0.0 n 0.0 0.0 1.1 end basis n library 3-21G end task scf
Jeżeli plik wejściowy ma nazwę n2.nw, obliczenia zleci się poleceniem:
> sub-nwchem n2.nw parallel 4 200
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|