NWChem: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 21: | Linia 21: | ||
;Plik wejściowy | ;Plik wejściowy | ||
| − | Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem | + | Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5). |
<pre> | <pre> | ||
| − | start | + | start feco5 |
| − | + | # Fe(CO)5 | |
| − | + | ||
| − | geometry units | + | geometry units au |
| − | + | symmetry group d3h | |
| − | + | ||
| + | fe 0.0 0.0 0.0 | ||
| + | |||
| + | c 0.0 0.0 3.414358 | ||
| + | o 0.0 0.0 5.591323 | ||
| + | |||
| + | c 2.4417087 2.4417087 0.0 | ||
| + | o 3.9810552 3.9810552 0.0 | ||
end | end | ||
| + | |||
basis | basis | ||
| − | + | fe library 3-21g | |
| + | o library 3-21g | ||
| + | c library 3-21g | ||
end | end | ||
| − | task | + | |
| + | basis "cd basis" | ||
| + | o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" | ||
| + | c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" | ||
| + | fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" | ||
| + | end | ||
| + | |||
| + | dft | ||
| + | xc becke88 lyp | ||
| + | end | ||
| + | |||
| + | task dft | ||
</pre> | </pre> | ||
| − | Jeżeli plik wejściowy ma nazwę ''' | + | Jeżeli plik wejściowy ma nazwę '''feco5.nw''', obliczenia zleci się poleceniem: |
| − | > sub-nwchem | + | > sub-nwchem feco5.nw parallel 4 2000 |
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 13:23, 4 mar 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
Korzystanie z pakietu w WCSS
Obecnie zainstalowaną wersją pakietu NWChem jest ver. 5.1, skompilowana przy użyciu Global Arrays toolkit ver 4.1b.
Obliczenia uruchamia się poleceniem:
> sub-nwchem plik_danych.nw kolejka liczba_procesorow pamięc-w-MB
gdzie:
- plik_danych.inp - plik z danymi programu
- kolejka - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
- liczba_procesorow - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, jeśli parametr ten jest podany, jego wartość powinna być wielokrotnością 4.
- pamiec-w-MB - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.
Przykład uruchomienia (kolejka parallel, zadanie 4 procesorowe, z pamięcią 7 GB):
> sub-nwchem test.nw parallel 4 7000
- Plik wejściowy
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).
start feco5 # Fe(CO)5 geometry units au symmetry group d3h fe 0.0 0.0 0.0 c 0.0 0.0 3.414358 o 0.0 0.0 5.591323 c 2.4417087 2.4417087 0.0 o 3.9810552 3.9810552 0.0 end basis fe library 3-21g o library 3-21g c library 3-21g end basis "cd basis" o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" end dft xc becke88 lyp end task dft
Jeżeli plik wejściowy ma nazwę feco5.nw, obliczenia zleci się poleceniem:
> sub-nwchem feco5.nw parallel 4 2000
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|