OpenBabel: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | ==OpenBabel | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> |
| − | + | {{zasobytab|logo= |serwery=[[Nova]]}} | |
| − | + | '''OpenBabel''' - zbiór aplikacji do modelowania molekularnego. W skład pakietu wchodzą narzędzia: | |
#babel | #babel | ||
#obchiral | #obchiral | ||
| Linia 63: | Linia 63: | ||
W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły. | W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły. | ||
obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle | obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle | ||
| + | |||
| + | === Dokumentacja === | ||
| + | # Opis wg [http://openbabel.org/wiki/Category:Guides podręcznika OpenBabel]. | ||
| − | + | {{oprogramowanie}} | |
| + | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
| + | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Wersja z 12:18, 5 sie 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
OpenBabel - zbiór aplikacji do modelowania molekularnego. W skład pakietu wchodzą narzędzia:
- babel
- obchiral
- obconformer
- obenergy
- obfit
- obgen
- obgrep
- obminimize
- obprobe
- obrotamer
- obrotate
Babel - konwerter plików, lista formatów
Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki
obchiral filename
Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery
obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename
Obenergy- oblicza energię cząsteczki
obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename]
Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS
obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile
Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.
obgen filename
Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych
obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename
Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły
obminimize [OPTIONS] filename
Obprobe - generuje siatkę powinowactwa atomu o zadanym typie i ładunku względem molekuły, w ten sposób, że liczy energię odziaływań elektrostatycznych miedzy atomem (typ, ładunek), a czasteczką. Korzysta z pola siłowego MMFF94.
obprobe [OPTIONS] atom type partial charge filename
Obprop - wyświetla podstawowe informacje o czasteczce (masa, ładunek, liczba wiązań itd.)
przykładowy output
name [Name] formula [Formula] mol_weight [Molecular Weight] exact_mass [Isotopic Mass] canonical_SMILES [String] num_atoms [Number] num_bonds [Number] num_residues [Number] sequence [Residue Sequence] num_rings [Number of Rings (by SSSR)] logP [Number (octanol-water partition)] PSA [Number (topological polar surface area)] MR [Number (molar refractivity)]
Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów
obrotamer filename
Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły.
obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle
Dokumentacja
- Opis wg podręcznika OpenBabel.
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|