ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 31: Linia 31:
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
 
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.2/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika]
+
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.2/tutorial/welcome.html Tutoriale dla wersji 6.2]
+
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]
  
  

Wersja z 13:57, 9 cze 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

Licencja

Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.

Korzystanie w WCSS

ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:

  • 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
  • 6.6.3 (wersja równoległa)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):

> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):

> abinit

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:

> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:

> sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Dokumentacja