Siesta: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | {{ | + | {{aplikacja|nazwa=SIESTA|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0-rc2}} |
'''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)''' | '''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)''' | ||
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w | Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w | ||
| − | rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące | + | rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne. |
| − | Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne | + | Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem. |
Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej | Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej | ||
geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji | geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji | ||
| Linia 23: | Linia 23: | ||
=== Korzystanie w WCSS === | === Korzystanie w WCSS === | ||
| − | Siesta oraz Transiesta w ver.3.0-rc2 dostępne są w WCSS na klastrze [[ | + | Siesta oraz Transiesta w ver.3.0-rc2 dostępne są w WCSS na klastrze [[Supernova]]. |
/usr/local/bin/sub-siesta-3.0-rc2 | /usr/local/bin/sub-siesta-3.0-rc2 | ||
Sposob uzycia: sub-siesta-3.0-rc2 plik_danych.fdf kolejka liczba_procesorow_per_wezel | Sposob uzycia: sub-siesta-3.0-rc2 plik_danych.fdf kolejka liczba_procesorow_per_wezel | ||
pamiec_w_MB_per_wezel liczba_wezlow | pamiec_w_MB_per_wezel liczba_wezlow | ||
| + | |||
=== Dokumentacja === | === Dokumentacja === | ||
* [http://www.icmab.es/siesta Strona domowa pakietu] | * [http://www.icmab.es/siesta Strona domowa pakietu] | ||
Wersja z 14:17, 31 sie 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| SIESTA | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 3.0-rc2 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.
Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem. Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).
Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.
Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov
Licencja
WCSS posiada licencję dla centrum obliczeniowego (Academic License for Computing Centers). Niezależnie od tego, każdy użytkownik, który chce prowadzić obliczania musi wystąpić do autorów i uzyskać licencję indywidualną. WCSS nie może wykonać tego kroku w imieniu użytkownika.
W celu uzyskania dostępu do systemowej instalacji Siesty, prosimy o zgłoszenie takiego zapotrzebowania do administratorów, pamiętając o wcześniejszym uzyskaniu licencji indywidualnej. Tylko posiadaczom takiej licencji WCSS może umożliwić dostęp.
Korzystanie w WCSS
Siesta oraz Transiesta w ver.3.0-rc2 dostępne są w WCSS na klastrze Supernova.
/usr/local/bin/sub-siesta-3.0-rc2 Sposob uzycia: sub-siesta-3.0-rc2 plik_danych.fdf kolejka liczba_procesorow_per_wezel pamiec_w_MB_per_wezel liczba_wezlow
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|