Insight II

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Insight II

Insight II
Serwer	Wersja
Tezro	2005 2000.1 4.00P+
Kontakt
admin@kdm.wcss.wroc.pl

Insight II - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys, funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu tej firmy: Discovery Studio. Oba, nierozwijane już pakiety Insight II i Cerius2, przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej via X11 lub GLX.

Licencja

Funkcjonalności produktu InsightII rozwijane są w nowym pakiecie firmy Accelrys Discovery Studio. W związku z tym, produkt dostępny jest w ograniczonym zakresie.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Aplikacja w WCSS dostępna jest na komputerze Tezro z systemem kolejkowania PBS. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):

> insight       (domyślnie wersja 2005)
> insight_2000.1 
> insight_400

Znane problemy

• Insight II 2005

Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez ssh -X tezro wystarczy uruchomić polecenie insight). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem insight_2000.1 -X11.

• Insight II 2000.1

Podczas przekierowania wyświetlania z użyciem OpenGL mogą pojawić się problemy, zaleca się uruchamianie aplikacji z opcją -X11.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.

Insight II w sieci:

• Insight II - strona niedostępna, produkt został wycofany ze sprzedaży.
• Dokumentacja w języku polskim na stronie ICM

Zobacz też : Licencja i żetony

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]