ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 13:40, 17 sie 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF

Serwer	Wersja
Supernova	2012.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

!	Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione.

GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> module load adf
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
liczba licencji: 64 procesory,
limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
możliwe są obliczenia równoległe,
aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:

> sub-adf woda.run short6h 4 500

ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor

pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

Dokumentacja

Zobacz też

Oprogramowanie KDM
system kolejkowania zadań PBS

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
-{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=2010.01 |wersja22=2009.01b |wersja23=2008.01}}
+{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01 }}
 '''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
@@ Linia 13: / Linia 13: @@
 == Korzystanie w WCSS ==
-ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>.
+ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>.
 === Uruchamianie GUI ADF-a ===
 {{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}}
 GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
-* Na [[Leo]]:
- > source /usr/local/adf/env.sh
- > /usr/local/adf/bin/adfview
-* Na [[Supernova]]:
   > module load adf
   > adfview
-=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Leo]] ===
-* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
-* konfiguracja buforów dyskowych '''na Leo''' - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
-* możliwe są obliczenia równoległe,
-* aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>,
-* następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie <code>woda.sh</code>, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:
- #!/bin/bash
- source /usr/local/adf/env.sh
- export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
- cd /scratch/$USER/katalog-zadania
- export NSCM=4
- ./woda.run >&woda.wyniki
-* nadać prawa wykonywania dla skryptów:
- > chmod +x woda.sh woda.run
-* wstawić zadanie do kolejki [[PBS]], pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie <code>woda.sh</code>:
- > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
 === Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] ===
@@ Linia 58: / Linia 34: @@
   Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
-=== Uwagi ===
 * pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
-* jeśli podczas tworzenia pliku .run '''na Leo''' podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
- export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
 == Dokumentacja ==