NBO: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 22: | Linia 22: | ||
* użycie NBO wraz z GAMESS'em 2013 możliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu jednego z następujących skryptów: | * użycie NBO wraz z GAMESS'em 2013 możliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu jednego z następujących skryptów: | ||
sub-gamess lub sub-gamess-2013.05.01-R1 | sub-gamess lub sub-gamess-2013.05.01-R1 | ||
| + | |||
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
=== NBO w sieci === | === NBO w sieci === | ||
Wersja z 12:39, 21 lip 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NBO
| NBO | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 6.0 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
NBO
Program NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktury Lewisa.
Program determinuje:
- Naturalny orbital atomowy (NAOs)
- Naturalny orbital hybrydowy (NHOs)
- Naturalny orbital wiążący (NBOs)
- Naturalnie zlokalizowany orbital molekularny (NLMOs)
Wstawianie zadań
- użycie NBO wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:
module load nbo/6.0
- użycie NBO wraz z Gaussianem 2009 D.01 wymaga załadowania innego modułu i następnie uruchomienie g09. Zalecane jest użycie zadania interaktywnego. Jeśli zadanie g09 wymaga podania liczby procesorów lub wielkości pamięci innych niż domyślne, to należy dodać odpowiednie karty %nproc i %mem do pliku danych g09.
module load nbo/6.0-g09 g09 plik_danych.inp plik_wynikow.log
- użycie NBO wraz z GAMESS'em 2013 możliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu jednego z następujących skryptów:
sub-gamess lub sub-gamess-2013.05.01-R1
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
NBO w sieci
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|