Discovery Studio: Różnice pomiędzy wersjami
m |
m |
||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Discovery Studio</small> |
| − | {{aplikacja|logo=[[Plik: | + | {{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Discovery Studio |serwer=[[Klaster kampusowy]] |wersja=3.5 |serwer2=Do samodzielnej instalacji |wersja21=3.5 |kontakt=}} |
| − | '''Discovery Studio''' - oprogramowanie firmy [[ | + | '''Discovery Studio''' - oprogramowanie firmy [[Biovia]] (d. Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Program umożliwia modelowanie i symulowanie takich cząstek. |
== Licencja == | == Licencja == | ||
| − | WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2014/2015 koordynowanej przez ICM, w ramach której dostępne są wszystkie moduły pakietu Discovery Studio (zobacz: [[ | + | WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2014/2015 koordynowanej przez ICM, w ramach której dostępne są wszystkie moduły pakietu Discovery Studio (zobacz: [[Biovia]]). |
=== Informacja o wykorzystaniu === | === Informacja o wykorzystaniu === | ||
| − | Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. | + | Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). |
{{Podziękowanie_WCSS}} | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
| Linia 23: | Linia 23: | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
| − | * [http://accelrys.com/products/discovery-studio/ Strona pakietu w serwisie | + | * [http://accelrys.com/products/discovery-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia] |
* [http://accelrys.com/events/webinars/discovery-studio-31/ Webinaria z DS] | * [http://accelrys.com/events/webinars/discovery-studio-31/ Webinaria z DS] | ||
| − | * '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu | + | * '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Biovia i zalogowania się na to konto. |
Wersja z 09:23, 14 paź 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Discovery Studio
| Discovery Studio | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Klaster kampusowy | 3.5 |
| Do samodzielnej instalacji | 3.5 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Discovery Studio - oprogramowanie firmy Biovia (d. Accelrys). Pakiet jest wykorzystywany do obliczeń w dziedzinach takich jak: chemia, biologia oraz innych naukach zaangażowanych w badanie małych cząstek, takich jak bioterapeutyki. Program umożliwia modelowanie i symulowanie takich cząstek.
Licencja
WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2014/2015 koordynowanej przez ICM, w ramach której dostępne są wszystkie moduły pakietu Discovery Studio (zobacz: Biovia).
Informacja o wykorzystaniu
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Uruchamianie aplikacji
Instalacja na swoim komputerze
Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do licencji i wersji instalacyjnej oprogramowania należy zarejestrować się jako użytkownik KDM WCSS i przesłać informację o zapotrzebowaniu na dostęp do plików instalacyjnych na adres kdm @ wcss.pl.
Korzystanie z aplikacji wymaga aktywnego połączenia z VPN w WCSS (zobacz: korzystanie z VPN).
Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3
Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Discovery Studio (środowisko PP, klient DS, serwer DS) oraz dodatkowe biblioteki: PDB, Swiss-Pro, UniRef90 i NRDB. W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Discovery Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia.
Sposób zakładania rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.
Dokumentacja
- Strona pakietu w serwisie Biovia
- Webinaria z DS
- Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Biovia i zalogowania się na to konto.
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|