NWChem: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NWChem</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NWChem</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=NWChem|logo=[[Plik:nwchem.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja= | + | {{aplikacja|nazwa=NWChem|logo=[[Plik:nwchem.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=6.5|wersja2=6.3|wersja3=6.1.1}} |
'''NWCHEM''' jest pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL). | '''NWCHEM''' jest pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL). | ||
== Korzystanie z pakietu w WCSS == | == Korzystanie z pakietu w WCSS == | ||
| − | Obecnie zainstalowane są wersje '''6.1.1''' oraz '''6. | + | Obecnie zainstalowane są wersje '''6.1.1''', '''6.3''' oraz '''6.5'''. |
Obliczenia uruchamia się poleceniem: | Obliczenia uruchamia się poleceniem: | ||
| − | > sub-nwchem plik_danych.nw | + | > sub-nwchem plik_danych.nw kolejka liczba_procesorow pamięć-w-MB |
gdzie: | gdzie: | ||
* <code>pamiec-w-MB</code> - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB. | * <code>pamiec-w-MB</code> - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB. | ||
* <code>plik_danych.nw</code> - plik z danymi programu | * <code>plik_danych.nw</code> - plik z danymi programu | ||
| − | * <code>kolejka</code> - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie | + | * <code>kolejka</code> - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie normal) |
* <code>liczba_procesorow</code> - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, wartość tego parametru powinna być wielokrotnością 4. | * <code>liczba_procesorow</code> - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, wartość tego parametru powinna być wielokrotnością 4. | ||
| − | Przykład uruchomienia (z pamięcią 7 GB, kolejka | + | Przykład uruchomienia (z pamięcią 7 GB, kolejka normal, zadanie 4 procesorowe): |
| − | > sub-nwchem test.nw 7000 | + | > sub-nwchem test.nw normal 4 7000 |
;Plik wejściowy | ;Plik wejściowy | ||
| Linia 57: | Linia 57: | ||
</pre> | </pre> | ||
Jeżeli plik wejściowy ma nazwę '''feco5.nw''', obliczenia zleci się poleceniem: | Jeżeli plik wejściowy ma nazwę '''feco5.nw''', obliczenia zleci się poleceniem: | ||
| − | > sub-nwchem feco5.nw 2000 | + | > sub-nwchem feco5.nw normal 4 2000 |
=== Informacje o wykorzystaniu === | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
Wersja z 06:13, 19 lis 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NWChem
| NWChem | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 6.5 6.3 6.1.1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
Korzystanie z pakietu w WCSS
Obecnie zainstalowane są wersje 6.1.1, 6.3 oraz 6.5.
Obliczenia uruchamia się poleceniem:
> sub-nwchem plik_danych.nw kolejka liczba_procesorow pamięć-w-MB
gdzie:
pamiec-w-MB- pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.plik_danych.nw- plik z danymi programukolejka- kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie normal)liczba_procesorow- domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, wartość tego parametru powinna być wielokrotnością 4.
Przykład uruchomienia (z pamięcią 7 GB, kolejka normal, zadanie 4 procesorowe):
> sub-nwchem test.nw normal 4 7000
- Plik wejściowy
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).
start feco5 # Fe(CO)5 geometry units au symmetry group d3h fe 0.0 0.0 0.0 c 0.0 0.0 3.414358 o 0.0 0.0 5.591323 c 2.4417087 2.4417087 0.0 o 3.9810552 3.9810552 0.0 end basis fe library 3-21g o library 3-21g c library 3-21g end basis "cd basis" o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" end dft xc becke88 lyp end task dft
Jeżeli plik wejściowy ma nazwę feco5.nw, obliczenia zleci się poleceniem:
> sub-nwchem feco5.nw normal 4 2000
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|