R: Różnice pomiędzy wersjami
Linia 51: | Linia 51: | ||
R</pre> | R</pre> | ||
− | Aby zainstalować pakiet ''lattice'' należy: | + | Aby zainstalować pakiet ''lattice'' należy użyć polecenia '''install.packages''': |
<pre> | <pre> | ||
Linia 79: | Linia 79: | ||
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library" | [2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library" | ||
</pre> | </pre> | ||
+ | |||
=== Informacje o wykorzystaniu === | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
{{Podziękowanie_WCSS}} | {{Podziękowanie_WCSS}} |
Wersja z 12:36, 23 paź 2018
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < R
R | |
---|---|
Serwer | Wersja |
Bem | 3.2.3 3.1.3 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
GNU R jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
R w WCSS
Uruchamianie zadań
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-r Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504) -o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)
Na przykład
> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Sprawdzenie zainstalowanych pakietów
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:
installed.packages()
po uruchomienu R w trybie interaktywnym. Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
Instalacja pakietów w lokalnym katalogu
Należy uruchomić kolejkę interaktywną:
qsub -I -l walltime=2:00:00
Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:
module load r/3.2.3-intel15.0 R
Aby zainstalować pakiet lattice należy użyć polecenia install.packages:
> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org") Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")': 'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna Would you like to use a personal library instead? (y/n)
Zatwierdzić wpisując y.
Would you like to create a personal library ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2 to install packages into? (y/n) y
Ponownie zatwierdzić wpisując y. Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji
* installing *source* package ‘lattice’ ... ** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone (...) ** testing if installed package can be loaded * DONE (lattice)
Sprawdzenie ścieżek do pakietów
> .libPaths(); [1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2" [2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
R w sieci
- Strona główna projektu R
- Wprowadzenie do Środowiska R
- Na przełaj przez Data Mining
- HOWTO: Install Local R Packages
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|