ADF

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Scientific Computing & Modelling
Serwer	Wersja
Bem	2014.10 2016.108 2017.105 2018.104 2019.102
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

• ADF
• ADF BAND
• REAXFF
• COSMO-RS
• DFTB
• GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

• wersja 2014

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego klient NoMachine. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:

ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl 

Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja

Kolejno załadować moduł i uruchomić program adfview.

module load adf/wybrana_wersja
adfview

Zobacz też: Przekierowanie wyświetlania

Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem

• liczba licencji: 64 rdzienie,
• limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,
• możliwe są obliczenia równoległe,
• należy wcześniej przygotować pliki danych np. woda.run, przykładowa struktura pliku:

#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
  O  0  0  0
  H  1  1  0
  H -1  1  0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

• aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:

> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:

> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

• ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Uwaga

• na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

• pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

• wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

• What’s new in ADF 2018
• Scientific Computing & Modelling
• ADF FAQ
• Prezentacja UJ (w języku polskim)
• Szkolenie ADF
• Szkolenie ADF 2
• Teaching in ADF - BSc exercises

Zobacz też

• Oprogramowanie KDM
• system kolejkowania zadań PBS