SPRKKR: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 88: | Linia 88: | ||
xband | xband | ||
| − | Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt sub-kkrscf-7.7.3 (sub-kkrgen-7.7.3). | + | Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt '''sub-kkrscf-7.7.3''' ('''sub-kkrgen-7.7.3'''). |
Wersja z 13:20, 31 sty 2020
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < SPRKKR
| SPRKKR | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | 7.7.3 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
SPRKKR (A spin polarized relativistic Korringa-Kohn-Rostoker (SPR-KKR) code for Calculating Solid State Properties )
Uruchamianie obliczeń w zadaniu interaktywnym
Aby uruchomić oprogramowanie należy albo rozpocząć zadanie interaktywne, np.:
qsub -I -l walltime=01:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=SPRKKR
następnie załadować moduł:
module load SPRKKR/7.7.3
Należy przejść do katalogu gdzie znajduje się plik .inp, ponieważ potrzebny jest także plik .pot, który nie ma podanej bezwględnej ścieżki w pliku .inp i w przeciwnym wypadku nie zostałby znaleziony. Czyli:
cd ~/katalog_z_plikiem_inp
oraz nadać plikom wejściowym uprawnienia do wykonywania:
chmod +x nazwa_pliku
Teraz można już wywołać program przesyłając na standardowe wejście plik .inp:
kkrscf7.7.3 < plik.inp
obliczenia rozpoczną się i zostaną wypisane na ekran. Można także przekierować standardowe wyjście do pliku np.:
kkrscf7.7.3 < plik.inp > plik_wyjsciowy
Analogicznie należy postępować z kkrgen7.7.3.
Uruchamianie obliczeń na podstawie skryptu
Możliwe jest uruchomienie obliczeń przy pomocy skryptu sub-kkrscf-7.7.3 oraz sub-kkrgen-7.7.3 bez uruchamiania zadania interaktywnego. W tym celu należy również przejść do katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe. Następnie wywołać np.
sub-kkrscf-7.7.3 plikwejsciowy.inp
lub
sub-kkrgen-7.7.3 plikwejsciowy.inp
Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.
Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:
sub-kkrscf-7.7.3
wyświetlone zostanie:
Usage: /usr/local/bin/sub-kkrscf-7.7.3 input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (default - 1) -m memory (in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
XBAND
Program pomocniczy GUI do tworzenia plików wejściowych.
Należy uruchomić go po zalogowaniu się na UI z przekierowaniem wyświetlania, w systemie Linux należy wywołać w terminalu polecenie:
ssh -X login@ui.wcss.pl
następnie załadować moduł:
module load xband/6.3
i wywołać program:
xband
Program w wersji graficznej się uruchomi.
Można także skorzystać także z klienta NoMachine lub z klienta PuTTy z przekierowaniem wyświetlania.
Po zalogowaniu się do zdalnego pulpitu należy uruchomić Terminal i także załadować moduł
module load xband/6.3
i wywołać program:
xband
Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt sub-kkrscf-7.7.3 (sub-kkrgen-7.7.3).
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
SPRKKR w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|