APBS

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych.

Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.

Rejony zastosowań:

• symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
• symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
• kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
• miareczkowanie białek.

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu