Amber
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Amber | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Nova | Amber 11 AmberTools 1.5 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Amber - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
Licencja
- Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
- AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
- Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", przy czym biblioteka "rmsd" (amber11/src/sander/ncsu-rmsd.f) jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
Funkcjonalności
W skład Amber 11 wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
- sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
- pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu
sander. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU. - nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
- LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
- antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
- ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
- mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.
Na AmberTools (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:
- NAB
- antechamber i MCPB
- tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
- sqm
- pbsa
- 3D-RISM
- ptraj i cpptraj
- MMPBSA.py i amberlite
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|