APBS

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

APBS - oprogramowanie

APBS

APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę własciwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych.

Aplikacja m.in. służy do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.

Rejony zastosowań:

• symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko

• symulacja z uwzględniniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika

• kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji

• miareczkowanie białek

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu