GAMESS

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Plik:gamess.png

Zasoby Leo Nova

GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

Informacje ogólne

Niektóre z możliwości programu to:

• wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
• wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
• wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
• wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
• szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

Zestawienie możliwości pakietu GAMESS

Typ SCF=	RHF	ROHF	UHf	GVB	MCSCF
energia	CDP	CDP	CDP	CDP	CDP
gradienty analityczne	CDP	CDP	CDP	CDP	CDP
numeryczny Hessian	CDP	CDP	CDP	CDP	CDP
analityczny Hessian	CDP	CDP	-	CDP	-
energia CI	CDP	CDP	-	CDP	CDP
gradient CI	CD	-	-	-	-
energia MP2	CDP	CDP	CDP	-	CP
gradient MP2	CDP	-	CD	-	-
energia CC	CD	-	-	-	-
energia DFT	CDP	CDP	CDP	-	-
gradient DFT	CDP	CDP	CDP	-	-
energia MOPAC	tak	tak	tak	tak	-
gradient MOPAC	tak	tak	tak	-	-

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)

GAMESS w WCSS

Pakiet GAMESS jest dostępny na serwerze Leo i klastrze Nova.

Wstawianie zadań do kolejki

sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow]

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu głównym konta użytkownika.

Leo

wersje: 2005.07.27-R2, 2006.09.07-R4.

Nova

wersje: 2007.03.24-R6, 2009.01.12-R1

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

Dokumentacja

Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess-WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

• INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
• INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
• TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
• REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
• PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
• IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

GAMESS w sieci

• Strona domowa GAMESSa

Zobacz też

• Oprogramowanie KDM