Insight II

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Zasoby Tezro

Insight II - oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys. Oba pakiety Insight II i Cerius2 przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliowścią pracy zdalnej via X11 lub GLX.

Funkcjonalność Insight II jest także dostępna w innym produkcie firmy Accelrys: Discovery Studio.

Wersje

Wersje zainstalowane i dostępne w WCSS:

• InsightII 2005
• InsightII 2000.1
• Insight 4.00P+

Uruchamianie aplikacji

Apliakcja w WCSS dostępna jest na komputerze Tezro z systemem kolejkowania PBS. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):

> insight       (domyślnie wersja 2005)
> insight_2000.1 
> insight_400

Znane problemy

• InsightII 2005

Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez ssh -X tezro wystarczy uruchomić polecenie insight). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem insight_2000.1 -X11.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.

Insight II w sieci:

• Insight II
• Dokumentacja w języku polskim na stronie ICM

Zobacz też : Licencja i żetony

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]