Materials Studio

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Materials Studio
Serwer	Wersja
Supernova (+ Gateway)	5.5
Leo	4.4
Kontakt
kdm@wcss.pl

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Accelrys. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2010/2011 r. dostępne są moduły:

MS Adsorption Locator MS Amorphous Cell MS Blends MS CASTEP Interface MS CASTEP Parallel MS COMPASS Parallel MS Conformers MS Discover Parallel MS DMol3 Interface MS DMol3-Solid State Parallel MS Equilibria MS Forcite Plus

MS Gaussian Interface MS GULP Interface MS GULP Parallel MS Mesocite MS MesoDyn MS MesoDyn Interface MS Motif MS Morphology MS NMR CASTEP Parallel MS ONETEP MS ONETEP Interface MS Polymorph Predictor

MS Polymorph Predictor Interface MS QMERA MS QMERA Interface MS QSAR Plus MS Reflex Plus MS Reflex QPA MS Sorption MS Synthia MS VAMP MS VAMP Interface MS Visualizer MS X-Cell

Dodatkowe pola siłowe

Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([1]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji: Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Klient i obliczenia lokalne

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Obliczenia zdalne

WCSS udostępnia serwery MS na Leo i klastrze Nova. Na obydwu maszynach działa tzw. Gateway, za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu Tools polecenie Server console. Następnie w oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach:

adres: nova.wcss.wroc.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

lub

adres: leo.wcss.wroc.pl
port: 18888

Dla każdego z tak podłączonych serwerów można obejrzeć listę dostępnych modułów. Ze względu na specyficzną architekturę Leo, jest na nim dostępnych o wiele mniej modułów niż na klastrze Nova.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań na któryś z powyższych serwerów, trzeba uzyskać dostęp do danego Gatewey'a, czyli login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z administratorami.

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:

nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]

Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

Polecenia dostępne na klastrze Nova

AmorphousCell /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
CASTEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+ /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
Discover /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
Dmol3 /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
DPD /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh 
Equilibria /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh 
GULP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetixas /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MatServer /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh 
MesoDyn /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
Mesotek /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
ONETEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):

nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>

gdzie:

• plik_wejsciowy to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
• /home/$USER/katalog_z_plikami_zadania to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
• qmera_nazwa_zadania to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).

Zobacz też: CASTEP

Dokumentacja

• Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
• Strona pakietu w serwisie Accelrys

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]