Gromacs
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ||
|
Gromacs - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej.
Informacje ogólne
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek MPI.
Dokumentacja
Na klastrze Nova dostępne są dwie wersje Gromacs-a 4.0.7 i 4.5.1. Każda wersja skompilowana jest kompilatorami Intela i udostępnia obliczenia sekwencyjne i równoległe z wykorzystaniem trybu float lub double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek mpi (MVAPICH) i sieci InfiniBand.
Programy znajdują się w katalogach:
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-seq/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-seq/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-seq/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-seq/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
- Gromacs w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|