ABINIT
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
ABINIT jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone."
Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.
Korzystanie w WCSS
ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
- v 5.7 (wersja równoległa)
- v 6.0.2 (wersja sekwencyjna i równoległa)
- v 6.0.4 (wersja sekwencyjna i równoległa)
- v 6.2.3 (wersja sekwencyjna i równoległa)
Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogach wersji:
/usr/local/abinit/5.7/bin/ /usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/ /usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/ /usr/local/abinit/6.0.4/bin/ /usr/local/abinit/6.0.4-seq/bin/ /usr/local/abinit/6.2.3/bin/ /usr/local/abinit/6.2.3-seq/bin/
Program w wersji 6.0.2 dostępny jest w wersji sekwencyjnej (ABINIT sequential) i równoległej (ABINIT parallel). Uruchamia się je odpowiednio poleceniami:
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/abinis /usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/abinip
Program główny wersji 6.0.4 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/abinit
Program główny najnowszej wersji 6.2.3 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.2.3/bin/abinit
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit.
sub-abinit plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]
W przypadku zadań sekwencyjnych proszę korzystać ze skryptu sub-abinit-seq.
sub-abinit-seq plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|