Gromacs
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ||
|
Gromacs - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Gromacs w WCSS
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek MPI.
Na klastrze Nova dostępne są wersje Gromacs-a: 4.0.7 i 4.5.1. Każda wersja skompilowana jest kompilatorami Intela i udostępnia obliczenia sekwencyjne i równoległe z wykorzystaniem trybu float lub double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH) i sieci InfiniBand.
Programy znajdują się w katalogach:
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-seq/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-seq/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.
Inicjalizacja środowiska w powłoce bash:
nova> source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash nova> module load gromacs
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń grompp i mdrun aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision).
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:
nova> module load gromacs/4.5.1-s nova> module load gromacs/4.5.1-d nova> module load gromacs/4.0.7-s nova> module load gromacs/4.0.7-d
- Przykładowy skrypt gmx.pbs
#!/bin/bash #PBS -q normal #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l mem=7200MB #PBS -N gmx_test1 # Zaladuj modul gromacs source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash module load gromacs/4.0.7-d # Przejdz do katalogu domowego z plikami wejsciowymi zadania cd /home/$USER/gmx_test1/ export DIR=`pwd` # Utworz katalog tymczasowy, przekopiuj pliki wejsciowe export SCR=$SCRDIR/gmx-$PBS_JOBID mkdir -p $SCR cp gmx_test1/* $SCR cd $SCR # Uruchom przetwarzanie grompp $GROMPP [opcje] # Uruchom obliczenia mdrun $MDRUN -v -s test1.tpr -o test1.trr > test1.log 2>&1 #przekopiuj wyniki do katalogu domowego cd $DIR cp -r $SCR . && rm -rf $SCR
Powyższy skrypt ładuje moduł odpowiedniej wersji Gromacsa. Moduł wykrywa na podstawie ustawień srodowiska PBS czy zadanie ma być równoległe czy sekwencyjne i odpowiednio ustawia zmienną MDRUN, która w przypadku zadań równoległych zawiera polecenia uruchamiające środowisko MPI.
Wstawienie skryptu do kolejki:
nova> qsub gmx.pbs
- Uwaga
- Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "
-nt <liczba wątków>". Aby wyłączyć wątkowanie należy w wywołaniu programu dodać opcję "-nt 1". Jeżeli wątkowanie jest włączone (domyślnie jest) program próbuje automatycznie podzielić domenę problemu na tyle porcji ile uruchamia wątków - jeżeli mu się to nie uda, program jest przerywany i zadanie kończy się komunikatem:
- -------------------------------------------------------
- Fatal error:
- Domain decomposition does not support simple neighbor searching, use grid searching or use particle decomposition
- For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
- website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
- -------------------------------------------------------
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|